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liangjun44至尊木虫 (著名写手)
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【楼主分享了解决方案】：gromacs中坐标文件与top文件不匹配 已有1人参与
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大家好，刚学gromacs，在找某个教程上的例子练手，遇到个问题想请教一下大家。 构建了一个含有蛋白质、水和sds的系统，然后想要grompp，产生tpr然后在接着往下做时，遇到这样的错误。 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 33543)does not match topology (topol.top, 33023)，（差值是520） 我检查过几个文件： 含结晶水的蛋白质gro显示有1555个原子（1321+78*3个结晶水），但topol文件以及蛋白质的itp文件显示只有1321个（top文件里面提示Protein_chain_A 1（应该就是1321这个）和SOL 78（这个SOL是结晶水吧）。 我在加了溶剂之后，下面就多显示了SOL 10376，就是共10454个水分子。加溶剂之前我有插入 -nmol 20个sds分子，sds的itp是prodrg生成的，并在top文件中include进去且手工修改成sds 20 1AKI_solv.gro的原子数33543是对的，但我比较在意的是sds的itp。sds的gro文件里面有43个原子，但当用prodrg生成itp后，这个itp就显示只有17（43-17）*20刚好是520~ 我不知道问题是否出在这里，而且上面蛋白质的itp文件里面都并不包含结晶水（不过水自己有自己的itp被include进top吧？）不知道应该怎样解决这个问题，请大家帮帮忙~ 下面是几个文件的链接 http://pan.baidu.com/share/link?shareid=195959&uk=939815927 解决方案见第4楼。 [ Last edited by 月只蓝 on 2014-4-19 at 14:50 ] |
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 MDs-Gromacs |
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liangjun44
至尊木虫 (著名写手)
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ben_ladeng: 金币+1, 谢谢分享经验 2014-04-19 07:27:31
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-04-19 14:48:05
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月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-04-19 14:48:05
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sds的gro文件里面有43个原子，但当用prodrg生成itp后，这个itp就显示只有17（43-17）*20刚好是520 问题就出在这里，prodrg生成的itp文件只有重原子，H都去掉，我是用了这个itp文件进行操作；但插入sds的gro文件时使用的是全原子的结构文件（包含氢原子），因此出现结构文件和top文件不匹配。我应该在插入sds时选择只有重原子的gro文件，或者自己编写sds的全原子itp文件。 |
4楼2014-04-18 23:58:55
水儿CoCo
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