应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【楼主分享了解决方案】：gromacs中坐标文件与top文件不匹配
51/1返回列表
查看: 3191  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

liangjun44

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 【楼主分享了解决方案】：gromacs中坐标文件与top文件不匹配 已有1人参与

大家好，刚学gromacs，在找某个教程上的例子练手，遇到个问题想请教一下大家。
构建了一个含有蛋白质、水和sds的系统，然后想要grompp，产生tpr然后在接着往下做时，遇到这样的错误。
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 33543)does not match topology (topol.top, 33023)，（差值是520）
我检查过几个文件：
含结晶水的蛋白质gro显示有1555个原子（1321+78*3个结晶水），但topol文件以及蛋白质的itp文件显示只有1321个（top文件里面提示Protein_chain_A     1（应该就是1321这个）和SOL  78（这个SOL是结晶水吧）。
我在加了溶剂之后，下面就多显示了SOL  10376，就是共10454个水分子。加溶剂之前我有插入 -nmol 20个sds分子，sds的itp是prodrg生成的，并在top文件中include进去且手工修改成sds   20
1AKI_solv.gro的原子数33543是对的，但我比较在意的是sds的itp。sds的gro文件里面有43个原子，但当用prodrg生成itp后，这个itp就显示只有17（43-17）*20刚好是520~
我不知道问题是否出在这里，而且上面蛋白质的itp文件里面都并不包含结晶水（不过水自己有自己的itp被include进top吧？）不知道应该怎样解决这个问题，请大家帮帮忙~

下面是几个文件的链接
http://pan.baidu.com/share/link?shareid=195959&uk=939815927

解决方案见第4楼。

[ Last edited by 月只蓝 on 2014-4-19 at 14:50 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-01-14 21:03:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励交流！ 2014-04-16 18:29:13
liangjun44: 金币+2, ★有帮助, 不是这样的，但感谢你的应助 2014-04-18 23:51:48
我猜你是不是在加水，加离子的时候没有-p topol.top 啊
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-16 16:52:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

水儿CoCo

木虫 (小有名气)
ben_ladeng: 见4楼 2014-04-19 07:26:51
你好，我也遇到了这种问题，请问你是怎么解决的呢
赞一下 回复此楼
2楼2014-04-16 08:59:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liangjun44

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢分享经验 2014-04-19 07:27:31
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-04-19 14:48:05
sds的gro文件里面有43个原子，但当用prodrg生成itp后，这个itp就显示只有17（43-17）*20刚好是520

问题就出在这里，prodrg生成的itp文件只有重原子，H都去掉，我是用了这个itp文件进行操作；但插入sds的gro文件时使用的是全原子的结构文件（包含氢原子），因此出现结构文件和top文件不匹配。我应该在插入sds时选择只有重原子的gro文件，或者自己编写sds的全原子itp文件。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-04-18 23:58:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Wineze

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 背包旅客 at 2015-01-12 22:42:10
你好，弱弱地问一句，sds是什么东西啊？我现在在做蛋白质—配体复合物的那个例子，也是用prodrg生成的itp文件，现在也遇到这个问题“Fatal error:number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 33049） do ...

您好，请问您最后解决这个问题了吗？应该怎么做呢？打扰了。
赞一下 回复此楼
6楼2018-04-19 10:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿华中科技大学071000，求调剂 +3 沿岸有贝壳6 2026-03-21 3/150 2026-03-21 10:35 by 暮云清寒
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +6 墨墨漠 2026-03-20 6/300 2026-03-21 09:23 by 天青等烟雨
[考研] 316求调剂 +6 梁茜雯 2026-03-19 6/300 2026-03-21 06:32 by Ecowxq666！
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 299求调剂 +6 △小透明* 2026-03-17 6/300 2026-03-21 02:42 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 +9 Ncdx123456 2026-03-19 9/450 2026-03-20 23:41 by lovewei0727
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:35 by 学员8dgXkO
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 311求调剂 +11 冬十三 2026-03-15 12/600 2026-03-18 14:36 by 星空星月
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭