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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【楼主分享了解决方案】：gromacs中坐标文件与top文件不匹配
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 【楼主分享了解决方案】：gromacs中坐标文件与top文件不匹配 已有1人参与

大家好，刚学gromacs，在找某个教程上的例子练手，遇到个问题想请教一下大家。
构建了一个含有蛋白质、水和sds的系统，然后想要grompp，产生tpr然后在接着往下做时，遇到这样的错误。
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 33543)does not match topology (topol.top, 33023)，（差值是520）
我检查过几个文件：
含结晶水的蛋白质gro显示有1555个原子（1321+78*3个结晶水），但topol文件以及蛋白质的itp文件显示只有1321个（top文件里面提示Protein_chain_A     1（应该就是1321这个）和SOL  78（这个SOL是结晶水吧）。
我在加了溶剂之后，下面就多显示了SOL  10376，就是共10454个水分子。加溶剂之前我有插入 -nmol 20个sds分子，sds的itp是prodrg生成的，并在top文件中include进去且手工修改成sds   20
1AKI_solv.gro的原子数33543是对的，但我比较在意的是sds的itp。sds的gro文件里面有43个原子，但当用prodrg生成itp后，这个itp就显示只有17（43-17）*20刚好是520~
我不知道问题是否出在这里，而且上面蛋白质的itp文件里面都并不包含结晶水（不过水自己有自己的itp被include进top吧？）不知道应该怎样解决这个问题，请大家帮帮忙~

下面是几个文件的链接
http://pan.baidu.com/share/link?shareid=195959&uk=939815927

解决方案见第4楼。

[ Last edited by 月只蓝 on 2014-4-19 at 14:50 ]
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1楼 2013-01-14 21:03:39
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
ben_ladeng: 见4楼 2014-04-19 07:26:51
你好，我也遇到了这种问题，请问你是怎么解决的呢
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2楼2014-04-16 08:59:56
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励交流！ 2014-04-16 18:29:13
liangjun44: 金币+2, ★有帮助, 不是这样的，但感谢你的应助 2014-04-18 23:51:48
我猜你是不是在加水，加离子的时候没有-p topol.top 啊
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3楼2014-04-16 16:52:05
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢分享经验 2014-04-19 07:27:31
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-04-19 14:48:05
sds的gro文件里面有43个原子，但当用prodrg生成itp后，这个itp就显示只有17（43-17）*20刚好是520

问题就出在这里，prodrg生成的itp文件只有重原子，H都去掉，我是用了这个itp文件进行操作；但插入sds的gro文件时使用的是全原子的结构文件（包含氢原子），因此出现结构文件和top文件不匹配。我应该在插入sds时选择只有重原子的gro文件，或者自己编写sds的全原子itp文件。
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4楼2014-04-18 23:58:55
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背包旅客

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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5楼2015-01-12 22:42:10
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Wineze

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 背包旅客 at 2015-01-12 22:42:10
你好，弱弱地问一句，sds是什么东西啊？我现在在做蛋白质—配体复合物的那个例子，也是用prodrg生成的itp文件，现在也遇到这个问题“Fatal error:number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 33049） do ...

您好，请问您最后解决这个问题了吗？应该怎么做呢？打扰了。
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6楼2018-04-19 10:55:09
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