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zhang_jaj木虫 (正式写手)
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lammps计算速度自相关函数
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想请教一下lammps怎么计算速度自相关函数，好像没有直接计算的命令。那么需要用哪些辅助命令得到哪些数据？ |
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5楼2013-01-26 11:12:53
【答案】应助回帖
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zhang_jaj: 金币+7, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！ 2013-05-05 10:43:15
zhang_jaj: 金币+7, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！ 2013-05-05 10:43:15
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lammps的手册里有一部分是讲如何计算粘滞系数的 viscosity，粘滞系数其实就是压强关联函数。能算压强当然就能速度了。 6.21 Calculating viscosity The shear viscosity eta of a fluid can be measured in at least 3 ways using various options in LAMMPS. (See this section of the manual for an analogous discussion for thermal conductivity). Eta is a measure of the propensity of a fluid to transmit momentum in a direction perpendicular to the direction of velocity or momentum flow. Alternatively it is the resistance the fluid has to being sheared. It is given by J = -eta grad(Vstream) where J is the momentum flux in units of momentum per area per time. and grad(Vstream) is the spatial gradient of the velocity of the fluid moving in another direction, normal to the area through which the momentum flows. Viscosity thus has units of pressure-time. The first method is to perform a non-equlibrium MD (NEMD) simulation by shearing the simulation box via the fix deform command, and using the fix nvt/sllod command to thermostat the fluid via the SLLOD equations of motion. The velocity profile setup in the fluid by this procedure can be monitored by the fix ave/spatial command, which determines grad(Vstream) in the equation above. E.g. the derivative in the y-direction of the Vx component of fluid motion or grad(Vstream) = dVx/dy. In this case, the Pxy off-diagonal component of the pressure or stress tensor, as calculated by the compute pressure command, can also be monitored, which is the J term in the equation above. See this section of the manual for details on NEMD simulations. The second method is to perform a reverse non-equilibrium MD simulation using the fix viscosity command which implements the rNEMD algorithm of Muller-Plathe. Momentum in one dimension is swapped between atoms in two different layers of the simulation box in a different dimension. This induces a velocity gradient which can be monitored with the fix ave/spatial command. The fix tallies the cummulative momentum transfer that it performs. See the fix viscosity command for details. The third method is based on the Green-Kubo (GK) formula which relates the ensemble average of the auto-correlation of the stress/pressure tensor to eta. This can be done in a steady-state equilibrated simulation which is in contrast to the two preceding non-equilibrium methods, where momentum flows continuously through the simulation box. Here is an example input script that calculates the viscosity of liquid Ar via the GK formalism: # Sample LAMMPS input script for viscosity of liquid Ar units real variable T equal 86.4956 variable V equal vol variable dt equal 4.0 variable p equal 400 # correlation length variable s equal 5 # sample interval variable d equal $p*$s # dump interval # convert from LAMMPS real units to SI variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K/ Boltzmann variable atm2Pa equal 101325.0 variable A2m equal 1.0e-10 variable fs2s equal 1.0e-15 variable convert equal ${atm2Pa}*${atm2Pa}*${fs2s}*${A2m}*${A2m}*${A2m} # setup problem dimension 3 boundary p p p lattice fcc 5.376 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 region box block 0 4 0 4 0 4 create_box 1 box create_atoms 1 box mass 1 39.948 pair_style lj/cut 13.0 pair_coeff * * 0.2381 3.405 timestep ${dt} thermo $d # equilibration and thermalization velocity all create $T 102486 mom yes rot yes dist gaussian fix NVT all nvt temp $T $T 10 drag 0.2 run 8000 # viscosity calculation, switch to NVE if desired #unfix NVT #fix NVE all nve reset_timestep 0 variable pxy equal pxy variable pxz equal pxz variable pyz equal pyz fix SS all ave/correlate $s $p $d & v_pxy v_pxz v_pyz type auto file S0St.dat ave running variable scale equal ${convert}/(${kB}*$T)*$V*$s*${dt} variable v11 equal trap(f_SS[3/)*${scale} variable v22 equal trap(f_SS[4/)*${scale} variable v33 equal trap(f_SS[5/)*${scale} thermo_style custom step temp press v_pxy v_pxz v_pyz v_v11 v_v22 v_v33 run 100000 variable v equal (v_v11+v_v22+v_v33)/3.0 variable ndens equal count(all)/vol print "average viscosity: $v [Pa.s/ @ $T K, ${ndens} /A^3" |
6楼2013-01-28 04:18:06
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