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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助!动力学模拟过程中分子构型发现变化
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fearless_

木虫 (正式写手)

[求助] 求助!动力学模拟过程中分子构型发现变化

用该分子在DS动力学模拟过程中出现同分异构体，请问为什么会出现这种情况？对结果会有影响么？

1.png
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1楼 2013-01-10 15:12:25
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-11 08:41:44
引用回帖:
4楼: Originally posted by fearless_ at 2013-01-10 17:08:39
去质子化结构

2.png
...

肯定是环内有共轭的更合理啊。。。但是你用的CHARMM力场怎么可能会有成键的变化。。那里搞错了吧
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5楼2013-01-10 19:46:26
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-11 08:41:25
你用的是量子动力学模拟？从有机化学的角度看，后面那个分子有共轭效应，而且正好满足休克尔电子数，应该更稳定的。。。自发异构成那个应该是在意料之中的吧
如果你一定要研究左边的那种分子。。结果当然会有影响。。
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fearless_
2楼2013-01-10 16:15:13
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fearless_

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-01-10 16:15:13
你用的是量子动力学模拟？从有机化学的角度看，后面那个分子有共轭效应，而且正好满足休克尔电子数，应该更稳定的。。。自发异构成那个应该是在意料之中的吧
如果你一定要研究左边的那种分子。。结果当然会有影响。 ...

用的是经典动力学模拟CHARMm力场，在不同时间段发现有这两种构象，感觉很诡异。另外，用于模拟的分子结构是去质子化的结构，请问二者两个更稳定，也就是哪个结构更加合理？见图
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3楼2013-01-10 17:07:45
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fearless_

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-01-10 16:15:13
你用的是量子动力学模拟？从有机化学的角度看，后面那个分子有共轭效应，而且正好满足休克尔电子数，应该更稳定的。。。自发异构成那个应该是在意料之中的吧
如果你一定要研究左边的那种分子。。结果当然会有影响。 ...

去质子化结构

2.png
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4楼2013-01-10 17:08:39
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