24小时热门版块排行榜    

查看: 758  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

fearless_

木虫 (正式写手)

[求助] 求助!动力学模拟过程中分子构型发现变化

用该分子在DS动力学模拟过程中出现同分异构体,请问为什么会出现这种情况?对结果会有影响么?

1.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

药物设计资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fearless_

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-01-10 16:15:13
你用的是量子动力学模拟?从有机化学的角度看,后面那个分子有共轭效应,而且正好满足休克尔电子数,应该更稳定的。。。自发异构成那个应该是在意料之中的吧
如果你一定要研究左边的那种分子。。结果当然会有影响。 ...

去质子化结构

2.png

4楼2013-01-10 17:08:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-11 08:41:25
你用的是量子动力学模拟?从有机化学的角度看,后面那个分子有共轭效应,而且正好满足休克尔电子数,应该更稳定的。。。自发异构成那个应该是在意料之中的吧
如果你一定要研究左边的那种分子。。结果当然会有影响。。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-01-10 16:15:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fearless_

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-01-10 16:15:13
你用的是量子动力学模拟?从有机化学的角度看,后面那个分子有共轭效应,而且正好满足休克尔电子数,应该更稳定的。。。自发异构成那个应该是在意料之中的吧
如果你一定要研究左边的那种分子。。结果当然会有影响。 ...

用的是经典动力学模拟CHARMm力场,在不同时间段发现有这两种构象,感觉很诡异。另外,用于模拟的分子结构是去质子化的结构,请问二者两个更稳定,也就是哪个结构更加合理?见图
3楼2013-01-10 17:07:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-11 08:41:44
引用回帖:
4楼: Originally posted by fearless_ at 2013-01-10 17:08:39
去质子化结构

2.png
...

肯定是环内有共轭的更合理啊。。。但是你用的CHARMM力场怎么可能会有成键的变化。。那里搞错了吧
5楼2013-01-10 19:46:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工调剂 +8 A-哆啦Z梦 2026-03-23 13/650 2026-03-24 21:05 by greychen00
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考研] 【双一流院校新能源、环境材料,材料加工与模拟招收大量调剂】 +4 Higraduate 2026-03-22 7/350 2026-03-24 11:23 by 种大树
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +18 chaojifeixia 2026-03-19 20/1000 2026-03-24 10:34 by dolphin_ycj
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
[考研] 材料专业求调剂 +11 hanamiko 2026-03-18 11/550 2026-03-23 23:12 by peike
[考研] 335分 | 材料与化工专硕 | GPA 4.07 | 有科研经历 +4 cccchenso 2026-03-23 4/200 2026-03-23 23:00 by 徐ckkk
[考研] 361求调剂 +3 Glack 2026-03-22 3/150 2026-03-23 22:03 by fuyu_
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 材料专硕英一数二306 +8 z1z2z3879 2026-03-18 8/400 2026-03-23 20:49 by baobaoye
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap- 2026-03-22 9/450 2026-03-23 12:57 by yqdszhdap-
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-18 6/300 2026-03-22 20:18 by edmund7
[考研] 299求调剂 +5 shxchem 2026-03-20 7/350 2026-03-21 17:09 by ColorlessPI
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 一志愿华中科技大学,080502,354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 求调剂一志愿南京航空航天大学289分 +3 @taotao 2026-03-19 3/150 2026-03-20 21:34 by JourneyLucky
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见