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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 做AMBER时遇到问题
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qingxueer

金虫 (初入文坛)

[求助] 做AMBER时遇到问题

在MD这一步总出错：
SANDER BOMB in subroutine nonbond_list
  volume of ucell too big, too many subcells
  list grid memory needs to be reallocated, restart sander
哪位高人能指点一下？谢谢
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1楼 2012-12-21 15:44:21
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yaozhq

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qingxueer at 2012-12-25 16:39:56
谢谢你的回复。我还想问一下，这种情况应该怎么办呢？...

调整一下体系大小 或者增加一下系统的内存 也可能是参数设置问题 这个不能一概而论
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4楼2012-12-28 09:18:11
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-24 13:17:55
qingxueer: 金币+5, ★有帮助 2012-12-25 16:41:01
体系太大 内存不足
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2楼2012-12-24 10:59:56
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qingxueer

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2012-12-24 10:59:56
体系太大 内存不足

谢谢你的回复。我还想问一下，这种情况应该怎么办呢？
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3楼2012-12-25 16:39:56
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