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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 下载芯片数据后，如何制作自己所需基因的表达谱？
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Dongqinglong

铜虫 (初入文坛)

[求助] 下载芯片数据后，如何制作自己所需基因的表达谱？

哪位高手知道在EBI或者NCBI的GEO上下载芯片数据，然后如何制作自己所需要基因的表达谱？希望高手指点迷津，不胜感激！

123.jpg
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1楼 2012-12-19 10:59:05
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Dongqinglong

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by anan_1223 at 2012-12-21 16:14:37
没明白您具体需求是什么呢？您上传的这个图片应该是芯片做的聚类分析图吧！

例如"从EBI 芯片数据库中下载果实发育芯片数据（E-MEXP-2451）和砧木接穗互作芯片数据（E-GEOD-4762）及相应的探针序列（A-GEOD-11164 和A-GEOD-3715），分别构建探针序列的本地blast 数据库，利用苹果WRKYcds序列进行比对，选取完全匹配探针代表该WRKY基因。利用perl 从芯片数据中选取代表WRKY基因的探针及表达量，采用Cluster 3.0 进行芯片聚类，Java Treeview 查看芯片聚类结果并作图"请问这是怎么做出来的？我想把芯片数据中关于自己想做的基因怎么提取出来？
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4楼2012-12-22 13:22:57
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anan_1223

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没明白您具体需求是什么呢？您上传的这个图片应该是芯片做的聚类分析图吧！
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3楼2012-12-21 16:14:37
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Dongqinglong

铜虫 (初入文坛)
这是不是一个很复杂的过程？
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5楼2012-12-22 13:25:20
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