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Dongqinglong

铜虫 (初入文坛)

[求助] 下载芯片数据后,如何制作自己所需基因的表达谱?

哪位高手知道在EBI或者NCBI的GEO上下载芯片数据,然后如何制作自己所需要基因的表达谱?希望高手指点迷津,不胜感激!

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anan_1223

新虫 (初入文坛)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没明白您具体需求是什么呢?您上传的这个图片应该是芯片做的聚类分析图吧!
3楼2012-12-21 16:14:37
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Dongqinglong

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by anan_1223 at 2012-12-21 16:14:37
没明白您具体需求是什么呢?您上传的这个图片应该是芯片做的聚类分析图吧!

例如"从EBI 芯片数据库中下载果实发育芯片数据(E-MEXP-2451)和砧木接穗互作芯片数据(E-GEOD-4762)及相应的探针序列(A-GEOD-11164 和A-GEOD-3715),分别构建探针序列的本地blast 数据库,利用苹果WRKYcds序列进行比对,选取完全匹配探针代表该WRKY基因。利用perl 从芯片数据中选取代表WRKY基因的探针及表达量,采用Cluster 3.0 进行芯片聚类,Java Treeview 查看芯片聚类结果并作图"请问这是怎么做出来的?我想把芯片数据中关于自己想做的基因怎么提取出来?
4楼2012-12-22 13:22:57
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Dongqinglong

铜虫 (初入文坛)

这是不是一个很复杂的过程?
5楼2012-12-22 13:25:20
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