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有没有人知道xplor中小分子的psf文件如何生成呢？
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如题，现在手上有小分子的pdb文件，还有通过网站生成的topology和parameter，在xplor里面如何生存psf文件呢，psf文件里面的各项参数分别是什么意思呢？如： N1 NW -0.260000 14.0067 0 C1 CV -0.700000E-01 12.0110 0 H11 HX 0.350000E-01 1.00800 0 有哪位大侠可以指点一下吗？ |
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koalabear8655
铁虫 (初入文坛)
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【答案】应助回帖
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月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-26 11:25:23
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-26 11:25:23
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http://xray.bmc.uu.se/hicup/xdict.html 用这个server把你的pdb放进去，他会给你email发５个文件，top和par是参数文件，inp是xplor输入文件，pdb也是需要的。out文件可以不管 不要改变文件名，将这４个文件保存下来，然后运行xplor -in inp文件名 就得到psf和优化完的pdb。 注意两点：１，保存时不要改变文件名，因为inp文件里面的输入参数都是按他的文件名给的，要保持一致性。２，注意小分子的par是正确的。如果在运行xplor时说缺少par参数，可能就需要你自己手动加到par文件里面了。 |
2楼2013-11-26 10:52:38