| 查看: 853 | 回复: 1 | |||
[求助]
有没有人知道xplor中小分子的psf文件如何生成呢？
|
|
如题，现在手上有小分子的pdb文件，还有通过网站生成的topology和parameter，在xplor里面如何生存psf文件呢，psf文件里面的各项参数分别是什么意思呢？如： N1 NW -0.260000 14.0067 0 C1 CV -0.700000E-01 12.0110 0 H11 HX 0.350000E-01 1.00800 0 有哪位大侠可以指点一下吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
0854电子信息求调剂
已经有7人回复
-
0854人工智能方向招收调剂
已经有3人回复
-
调剂
已经有4人回复
-
一志愿北化315 求调剂
已经有3人回复
-
有机合成求助
已经有5人回复
-
材料学硕333求调剂
已经有3人回复
-
289求调剂
已经有7人回复
-
收08调剂生
已经有6人回复
-
材料专硕找调剂
已经有5人回复
-
085602 289分求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 生成psf时，出现unknown atom type
已经有14人回复
- 【求助】无法生成环糊精的psf文件
已经有4人回复
- 【讨论】怎样在平衡后生成最终的psf？pdb？？谢谢指点
已经有14人回复
- 【求助】求助psf文件的生成
已经有4人回复
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已经有11人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
koalabear8655
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 25.8
- 散金: 20
- 帖子: 26
- 在线: 17.7小时
- 虫号: 758507
- 注册: 2009-04-27
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-26 11:25:23
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-26 11:25:23
|
http://xray.bmc.uu.se/hicup/xdict.html 用这个server把你的pdb放进去，他会给你email发５个文件，top和par是参数文件，inp是xplor输入文件，pdb也是需要的。out文件可以不管 不要改变文件名，将这４个文件保存下来，然后运行xplor -in inp文件名 就得到psf和优化完的pdb。 注意两点：１，保存时不要改变文件名，因为inp文件里面的输入参数都是按他的文件名给的，要保持一致性。２，注意小分子的par是正确的。如果在运行xplor时说缺少par参数，可能就需要你自己手动加到par文件里面了。 |
2楼2013-11-26 10:52:38
20