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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 如何提取植物内生真菌总DNA？
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江西南昌人

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何提取植物内生真菌总DNA？

各位虫友，你们好！
    我近期想做一个实验，是通过用Roche 454 FLX+平台，用真菌ITS的通用引物对真菌ITS区进行高通量测序，分别做植物根、茎、叶内生真菌多样性的研究。但现在遇到一个问题，就是在前期处理上。主要有以下几个问题：
1.表面该如何消毒，去除表面真菌的干扰？
2.由于是用真菌ITS通用引物，担心宿主DNA会干扰实验。在提取总DNA时，怎样才能尽可能的排除宿主DNA的干扰？而又能够尽可能多的收集到内生真菌的总DNA？

这个实验非常的急切，所以希望虫友们，能够尽快的回复，谢谢！！！
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1楼 2012-12-12 12:53:29
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kingleo99

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助 2012-12-12 21:53:11
江西南昌人: 金币+5, ★★★很有帮助, 这个答案应该很有用，值得尝试，谢谢！ 2012-12-13 21:09:47
第一个问题：一般的梯度性的升汞溶液消毒就可以将表体的真菌杀死，之后做个对照实验就可以了，比如消过毒的植物体最后用无菌水清洗一下，那个水进行培养（涂到PDA平板上）。第二个问题植物内生菌基本都是手提DNA的，提取完后的DNA采用胶纯化，而内生菌总DNA大小在10k-15k左右，而植物的总DNA很大所以这样可以将内生菌总DNA纯化出来，扩增的时候就不会受干扰！
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科学就是发现规律，而规律是上帝创造的，认识独一上帝就是智慧。
2楼2012-12-12 16:48:41
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江西南昌人

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kingleo99 at 2012-12-12 16:48:41
第一个问题：一般的梯度性的升汞溶液消毒就可以将表体的真菌杀死，之后做个对照实验就可以了，比如消过毒的植物体最后用无菌水清洗一下，那个水进行培养（涂到PDA平板上）。第二个问题植物内生菌基本都是手提DNA的， ...

您好！谢谢 kingleo99的回复，这个答案很好，我尝试一下。
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3楼2012-12-13 21:08:57
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