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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗

在对接时，HETATM开头的分子是不是一定就是配体，需要删掉吗；我现在的PDB文件里面有个MODRES (对标准残基的修饰)的分子，坐标前是HETATM开头，这个是当配体删掉，还是对接蛋白的一部分？
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1楼 2012-12-10 17:22:00
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gouyi: 金币+4, ★★★很有帮助, 我主要是想问一下，其中有一个修饰的残基HETATM开头，要不要删掉，因为我不知道他到底是配体，还是什么 2012-12-10 21:09:45
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-11 08:32:03
用pymol打开文件，输入下列命令，基本就能够得到一个干净的分子
remove solvent （去除水分子)
remove organic （去除配体化合物）
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2楼2012-12-10 19:25:54
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 22:55:24
gouyi: 金币+1, ★有帮助 2012-12-12 15:32:43
Hetatm是原子关联信息吧，不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍
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3楼2012-12-10 22:41:15
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-12 11:44:23
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-12 15:32:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-10 22:41:15
Hetatm是原子关联信息吧，不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍

Hetatm一般是水和配体的组 直接删掉就留下蛋白自己了
至于是否删除 看lz需要 不能一概而论 如果对研究没影响 那就删掉
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4楼2012-12-11 13:36:55
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caohao1988

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-12 11:44:33
gouyi: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2012-12-12 15:33:05
首先要考虑清楚你的pdb文件的来源，大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射，结晶环境中的有机溶剂分子，结晶水分子，小分子配体等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而论删除一切蛋白本体结构外的所有分子，比如，原有的配体分子存在的位置和构像可能对于同类的分子对接和活性位点特性提供参考，活性残基周围的分子如果有氢键等作用力存在，建议谨慎考虑是否要删除。个人观点，如有错误，请虫友们指出，欢迎讨论

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gouyi
5楼2012-12-11 14:45:40
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by caohao1988 at 2012-12-11 14:45:40
首先要考虑清楚你的pdb文件的来源，大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射，结晶环境中的有机溶剂分子，结晶水分子，小分子配体等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而论删除一切蛋白本体结构外的所有分子，比如，原有的 ...

请问，怎样看活性残基周围的分子有氢键等作用力存在有相互作用？谢谢
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坚持就是胜利
6楼2012-12-11 15:33:57
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caohao1988

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-12 11:44:43
回答5楼，我认为，原子间的距离是比较直观的参考因素，两个原子的范德华半径之和大于实际距离，那么形成键的可能性就很大了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2012-12-11 15:52:03
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
7楼: Originally posted by caohao1988 at 2012-12-11 15:52:03
回答5楼，我认为，原子间的距离是比较直观的参考因素，两个原子的范德华半径之和大于实际距离，那么形成键的可能性就很大了

谢谢
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坚持就是胜利
8楼2012-12-11 16:44:38
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by caohao1988 at 2012-12-11 14:45:40
首先要考虑清楚你的pdb文件的来源，大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射，结晶环境中的有机溶剂分子，结晶水分子，小分子配体等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而论删除一切蛋白本体结构外的所有分子，比如，原有的 ...

谢谢你的回答，我还想问一下一个概念问题：比如CYS10氨基酸残基与一个配体分子以二硫键共价结合，那结合后的那个氨基酸残基不能叫CYS吧
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生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
9楼2012-12-12 15:41:48
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许你安然然

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-10 19:25:54
用pymol打开文件，输入下列命令，基本就能够得到一个干净的分子
remove solvent （去除水分子)
remove organic （去除配体化合物）

您好，请问，如果配体是个短肽，是不是也可以用您说的pymol这种方法删除配体呢？谢谢。

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10楼2017-03-23 15:56:16
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