24小时热门版块排行榜    

查看: 4126  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前,含有配体的复合蛋白怎么处理?HETATM开头的元素要删除吗

在对接时,HETATM开头的分子是不是一定就是配体,需要删掉吗;我现在的PDB文件里面有个MODRES (对标准残基的修饰)的分子,坐标前是HETATM开头,这个是当配体删掉,还是对接蛋白的一部分?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

生命不止,奋斗不息;天赋人责,舍我其谁!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by caohao1988 at 2012-12-11 14:45:40
首先要考虑清楚你的pdb文件的来源,大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射,结晶环境中的有机溶剂分子,结晶水分子,小分子配体等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而论删除一切蛋白本体结构外的所有分子,比如,原有的 ...

谢谢你的回答,我还想问一下一个概念问题:比如CYS10氨基酸残基与一个配体分子以二硫键共价结合,那结合后的那个氨基酸残基不能叫CYS吧
生命不止,奋斗不息;天赋人责,舍我其谁!
9楼2012-12-12 15:41:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gouyi: 金币+4, ★★★很有帮助, 我主要是想问一下,其中有一个修饰的残基HETATM开头,要不要删掉,因为我不知道他到底是配体,还是什么 2012-12-10 21:09:45
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-11 08:32:03
用pymol打开文件,输入下列命令,基本就能够得到一个干净的分子
remove solvent (去除水分子)
remove organic (去除配体化合物)
2楼2012-12-10 19:25:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 22:55:24
gouyi: 金币+1, 有帮助 2012-12-12 15:32:43
Hetatm是原子关联信息吧,不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍
3楼2012-12-10 22:41:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-12 11:44:23
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-12 15:32:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-10 22:41:15
Hetatm是原子关联信息吧,不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍

Hetatm一般是水和配体的组 直接删掉就留下蛋白自己了
至于是否删除 看lz需要 不能一概而论 如果对研究没影响 那就删掉
4楼2012-12-11 13:36:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +15 koalala 2026-08-24 17/850 2026-08-24 14:16 by hhs666
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 我面上完蛋了 +8 且听虎啸 2026-08-20 9/450 2026-08-24 13:52 by zzuzxg
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 18/900 2026-08-24 12:03 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +12 kulium 2026-08-21 15/750 2026-08-24 12:02 by iaeyuan
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见