应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3594  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗

在对接时，HETATM开头的分子是不是一定就是配体，需要删掉吗；我现在的PDB文件里面有个MODRES (对标准残基的修饰)的分子，坐标前是HETATM开头，这个是当配体删掉，还是对接蛋白的一部分？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
1楼 2012-12-10 17:22:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-12 11:44:23
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-12 15:32:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-10 22:41:15
Hetatm是原子关联信息吧，不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍

Hetatm一般是水和配体的组 直接删掉就留下蛋白自己了
至于是否删除 看lz需要 不能一概而论 如果对研究没影响 那就删掉
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-12-11 13:36:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gouyi: 金币+4, ★★★很有帮助, 我主要是想问一下，其中有一个修饰的残基HETATM开头，要不要删掉，因为我不知道他到底是配体，还是什么 2012-12-10 21:09:45
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-11 08:32:03
用pymol打开文件，输入下列命令，基本就能够得到一个干净的分子
remove solvent （去除水分子)
remove organic （去除配体化合物）
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-12-10 19:25:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 22:55:24
gouyi: 金币+1, ★有帮助 2012-12-12 15:32:43
Hetatm是原子关联信息吧，不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-10 22:41:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caohao1988

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-12 11:44:33
gouyi: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2012-12-12 15:33:05
首先要考虑清楚你的pdb文件的来源，大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射，结晶环境中的有机溶剂分子，结晶水分子，小分子配体等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而论删除一切蛋白本体结构外的所有分子，比如，原有的配体分子存在的位置和构像可能对于同类的分子对接和活性位点特性提供参考，活性残基周围的分子如果有氢键等作用力存在，建议谨慎考虑是否要删除。个人观点，如有错误，请虫友们指出，欢迎讨论

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

gouyi
5楼2012-12-11 14:45:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕调剂 +5 椰椰。 2026-03-29 5/250 2026-03-29 20:50 by 唐沐儿
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-24 6/300 2026-03-29 20:45 by 无际的草原
[考研] 329求调剂，一志愿西北工业大学，材料工程（085601） +4 小小机灵虫 2026-03-29 10/500 2026-03-29 18:20 by 无际的草原
[基金申请] 面上5B能上会吗？ +4 redcom 2026-03-29 4/200 2026-03-29 17:39 by 最爱编纂辞典
[考研] 322求调剂：一志愿湖南大学 材料与化工（085600），已过六级。 +4 XX小邓 2026-03-29 4/200 2026-03-29 17:34 by 无际的草原
[考研] 环境工程 085701，267求调剂 +6 minht 2026-03-29 6/300 2026-03-29 16:21 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +11 田洪有 2026-03-26 11/550 2026-03-29 13:14 by peike
[考研] 一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂 +8 举个栗子oi 2026-03-24 9/450 2026-03-29 13:08 by peike
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 11408软件工程求调剂 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 316求调剂 +7 江辞666 2026-03-26 7/350 2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 0703本科郑州大学求调剂 +3 nhj_ 2026-03-25 3/150 2026-03-28 13:24 by Iveryant
[考研] 化学调剂 +4 爱吃番茄的旭 2026-03-24 5/250 2026-03-27 17:50 by kiokin
[考研] 274求调剂 +17 顾九笙要谦虚 2026-03-24 23/1150 2026-03-27 15:16 by caszguilin
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-25 7/350 2026-03-27 14:47 by 狂炫麦当当
[考研] 317求调剂 +7 蛋黄咸肉粽 2026-03-26 7/350 2026-03-27 02:29 by fmesaito
[考研] 325求调剂 +5 李嘉图·S·路 2026-03-23 5/250 2026-03-27 00:42 by wxiongid
[考研] 打过很多竞赛，085406控制工程300分，求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] 材料调剂 +3 iwinso 2026-03-23 3/150 2026-03-25 11:29 by greychen00
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭