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分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗
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| 在对接时，HETATM开头的分子是不是一定就是配体，需要删掉吗；我现在的PDB文件里面有个MODRES (对标准残基的修饰)的分子，坐标前是HETATM开头，这个是当配体删掉，还是对接蛋白的一部分？ |
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lrf1980
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3楼2012-12-10 22:41:15
lrf1980
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yaozhq
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4楼2012-12-11 13:36:55
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gouyi: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2012-12-12 15:33:05
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首先要考虑清楚你的pdb文件的来源，大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射，结晶环境中的有机溶剂分子，结晶水分子，小分子配体等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而论删除一切蛋白本体结构外的所有分子，比如，原有的配体分子存在的位置和构像可能对于同类的分子对接和活性位点特性提供参考，活性残基周围的分子如果有氢键等作用力存在，建议谨慎考虑是否要删除。个人观点，如有错误，请虫友们指出，欢迎讨论 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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gouyi5楼2012-12-11 14:45:40
