应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗
51/1返回列表
查看: 3272  |  回复: 9
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗

在对接时，HETATM开头的分子是不是一定就是配体，需要删掉吗；我现在的PDB文件里面有个MODRES (对标准残基的修饰)的分子，坐标前是HETATM开头，这个是当配体删掉，还是对接蛋白的一部分？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！
1楼2012-12-10 17:22:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by caohao1988 at 2012-12-11 14:45:40
首先要考虑清楚你的pdb文件的来源，大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射，结晶环境中的有机溶剂分子，结晶水分子，小分子配体等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而论删除一切蛋白本体结构外的所有分子，比如，原有的 ...

请问，怎样看活性残基周围的分子有氢键等作用力存在有相互作用？谢谢
赞一下 回复此楼
坚持就是胜利
6楼2012-12-11 15:33:57
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gouyi: 金币+4, ★★★很有帮助, 我主要是想问一下，其中有一个修饰的残基HETATM开头，要不要删掉，因为我不知道他到底是配体，还是什么 2012-12-10 21:09:45
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-11 08:32:03
用pymol打开文件，输入下列命令，基本就能够得到一个干净的分子
remove solvent （去除水分子)
remove organic （去除配体化合物）
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-12-10 19:25:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 22:55:24
gouyi: 金币+1, ★有帮助 2012-12-12 15:32:43
Hetatm是原子关联信息吧，不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-10 22:41:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-12 11:44:23
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-12 15:32:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-10 22:41:15
Hetatm是原子关联信息吧，不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍

Hetatm一般是水和配体的组 直接删掉就留下蛋白自己了
至于是否删除 看lz需要 不能一概而论 如果对研究没影响 那就删掉
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-12-11 13:36:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭