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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗
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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

[求助] 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗

在对接时，HETATM开头的分子是不是一定就是配体，需要删掉吗；我现在的PDB文件里面有个MODRES (对标准残基的修饰)的分子，坐标前是HETATM开头，这个是当配体删掉，还是对接蛋白的一部分？
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1楼 2012-12-10 17:22:00
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
5楼: Originally posted by caohao1988 at 2012-12-11 14:45:40
首先要考虑清楚你的pdb文件的来源，大多蛋白结构来自晶体结晶的衍射，结晶环境中的有机溶剂分子，结晶水分子，小分子配体等均可能存在于pdb文件中。其次不能一概而论删除一切蛋白本体结构外的所有分子，比如，原有的 ...

请问，怎样看活性残基周围的分子有氢键等作用力存在有相互作用？谢谢
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坚持就是胜利
6楼2012-12-11 15:33:57
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gouyi: 金币+4, ★★★很有帮助, 我主要是想问一下，其中有一个修饰的残基HETATM开头，要不要删掉，因为我不知道他到底是配体，还是什么 2012-12-10 21:09:45
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-11 08:32:03
用pymol打开文件，输入下列命令，基本就能够得到一个干净的分子
remove solvent （去除水分子)
remove organic （去除配体化合物）
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2楼2012-12-10 19:25:54
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 22:55:24
gouyi: 金币+1, ★有帮助 2012-12-12 15:32:43
Hetatm是原子关联信息吧，不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍
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3楼2012-12-10 22:41:15
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-12 11:44:23
gouyi: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-12-12 15:32:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2012-12-10 22:41:15
Hetatm是原子关联信息吧，不是用来标示配体的。你可以百度或google一下hetatm的详细介绍

Hetatm一般是水和配体的组 直接删掉就留下蛋白自己了
至于是否删除 看lz需要 不能一概而论 如果对研究没影响 那就删掉
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4楼2012-12-11 13:36:55
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