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gouyi

金虫 (正式写手)

sanchuanok

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[求助] 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗

在对接时，HETATM开头的分子是不是一定就是配体，需要删掉吗；我现在的PDB文件里面有个MODRES (对标准残基的修饰)的分子，坐标前是HETATM开头，这个是当配体删掉，还是对接蛋白的一部分？

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sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？已经有12人回复

生命不止，奋斗不息；天赋人责，舍我其谁！

1楼 2012-12-10 17:22:00

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caohao1988

新虫 (初入文坛)

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专业: 生物化学

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-12 11:44:43

回答5楼，我认为，原子间的距离是比较直观的参考因素，两个原子的范德华半径之和大于实际距离，那么形成键的可能性就很大了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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7楼2012-12-11 15:52:03

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lrf1980

新虫 (小有名气)

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专业: 药物化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gouyi: 金币+4, ★★★很有帮助, 我主要是想问一下，其中有一个修饰的残基HETATM开头，要不要删掉，因为我不知道他到底是配体，还是什么 2012-12-10 21:09:45
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-11 08:32:03

用pymol打开文件，输入下列命令，基本就能够得到一个干净的分子
remove solvent （去除水分子)
remove organic （去除配体化合物）

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2楼2012-12-10 19:25:54

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