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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] gromacs的pbs脚本

求gromacs的pbs脚本，非常感谢！！
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坚持就是胜利
1楼 2012-11-17 09:28:15
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撒哈拉的精彩

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-11-22 08:48:06
我本人不懂编程，我只知道我写的脚本里的每句话的意思，呵呵，有教程详细介绍的...

新手求教这个脚本每一行的意思，还有我交作业时应该怎么改这个脚本，还请楼主不吝笔墨，谢谢了
赞一下 回复此楼
9楼2013-01-01 15:15:09
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tianyueli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 回帖置顶 2012-11-19 16:40:34
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-19 21:21:38
邓芳: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-11-20 08:53:07
#PBS -N gromacs
## Submit to specified nodes:
#PBS -l nodes=2:ppn=16
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=1000:00:00  
  
cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
##  using openmpi through infiniband
  
source /public/software/mpi/openmpi1.4-gnu.sh
GRO_HOME=/public/software/md/gromacs/gromacs405-openmpi
${GRO_HOME}/bin/grompp  -f grompp.mdp -c conf.gro -p topol.top -po mygro_out.mdp  -o mygro.tpr
mpirun  -np  $ NP  -machinefile  $ PBS_NODEFILE  $ {GRO_HOME}/bin/mdrun  -s  mygro.tpr  -c  conf.gro  -o
mygro.trr -g mygro.log -e mygro.ene
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2楼2012-11-19 15:16:26
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邓芳

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tianyueli at 2012-11-19 15:16:26
#PBS -N gromacs
## Submit to specified nodes:
#PBS -l nodes=2:ppn=16
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=1000:00:00  
  
cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
##  using openmpi through ...

3楼2012-11-19 16:41:30
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
2楼: Originally posted by tianyueli at 2012-11-19 15:16:26
#PBS -N gromacs
## Submit to specified nodes:
#PBS -l nodes=2:ppn=16
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=1000:00:00  
  
cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
##  using openmpi through ...

请问这个脚本是自己写的吗？是不是要首先学会编程语言啊？不懂求指导，谢谢
赞一下 回复此楼
为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
4楼2012-11-20 19:24:57
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