| 查看: 601 | 回复: 1 | |||
jglee646金虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】NAMD如何使用OpenPBS队列？已有1人参与
|
|
我使用的是16个节点的集群，每个节点双路四核，节点名cn01-cn16。我使用下面的脚本提交作业，生成了一个nodelist文件，包含了cn15和cn16两个节点。但是刚运行就报错， ERROR> unrecognized command in nodesfile: ERROR> cn16 看来是charmrun不能识别节点，请问如何解决？ #!/bin/bash # example for 1 nodes #PBS -N test #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -j oe #PBS -q qvasp # change into your working directory cd $PBS_O_WORKDIR # setting up local SCRATCH export SCRATCH=/tmp/$PBS_JOBID cat $PBS_NODEFILE > nodelist export num=`wc -l < nodelist` charmrun /home/siapfhp/corarbor/software/NAMD_2.7b2_Linux-x86_64/namd2 +p16 ++nodelist nodelist gromacs.conf >& log & |
回复此楼» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有23人回复
-
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有7人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有11人回复
-
读博
已经有4人回复
-
JMPT 期刊投稿流程
已经有4人回复
-
心脉受损
已经有5人回复
-
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
PBS—torque安装问题
已经有3人回复- 【转帖】PBS安装
已经有11人回复
wally8962
木虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 5366.7
- 红花: 2
- 帖子: 1062
- 在线: 471.1小时
- 虫号: 600024
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物力学
2楼2010-06-10 13:14:59