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jglee646

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】NAMD如何使用OpenPBS队列？已有1人参与

我使用的是16个节点的集群，每个节点双路四核，节点名cn01-cn16。我使用下面的脚本提交作业，生成了一个nodelist文件，包含了cn15和cn16两个节点。但是刚运行就报错，
ERROR> unrecognized command in nodesfile:
ERROR> cn16
看来是charmrun不能识别节点，请问如何解决？

#!/bin/bash

# example for 1 nodes
#PBS -N test
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -q qvasp

# change into your working directory
cd $PBS_O_WORKDIR

# setting up local SCRATCH
export SCRATCH=/tmp/$PBS_JOBID

cat $PBS_NODEFILE > nodelist
export num=`wc -l < nodelist`

charmrun /home/siapfhp/corarbor/software/NAMD_2.7b2_Linux-x86_64/namd2 +p16 ++nodelist nodelist gromacs.conf >& log &

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【转帖】PBS安装已经有11人回复

1楼 2010-06-10 10:31:39

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)

应助: 9 (幼儿园)
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性别: GG
专业: 生物力学

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-10 13:26:54

$PBS_NODEFILE 的默认格式可能是mpirun的格式，charmrun的格式不同。要作用awk等文本处理语言修改。搜搜吧，方案很多

mpirun的格式
node1
node2
....

charmrun的格式
group main
host node1
host node2
....

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