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jglee646金虫 (小有名气)
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【求助】NAMD如何使用OpenPBS队列？ 已有1人参与
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我使用的是16个节点的集群，每个节点双路四核，节点名cn01-cn16。我使用下面的脚本提交作业，生成了一个nodelist文件，包含了cn15和cn16两个节点。但是刚运行就报错， ERROR> unrecognized command in nodesfile: ERROR> cn16 看来是charmrun不能识别节点，请问如何解决？ #!/bin/bash # example for 1 nodes #PBS -N test #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -j oe #PBS -q qvasp # change into your working directory cd $PBS_O_WORKDIR # setting up local SCRATCH export SCRATCH=/tmp/$PBS_JOBID cat $PBS_NODEFILE > nodelist export num=`wc -l < nodelist` charmrun /home/siapfhp/corarbor/software/NAMD_2.7b2_Linux-x86_64/namd2 +p16 ++nodelist nodelist gromacs.conf >& log & |
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wally8962
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2楼2010-06-10 13:14:59
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