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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 新手autodock中autogrid出现问题
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kevinly123

铁虫 (小有名气)

[求助] 新手autodock中autogrid出现问题

新手菜鸟一个, 正在自学简单操作autodock.

从论坛中学习了很多, 谢谢大家了.

现在在autogrid运行中出现了问题,请教前辈如何解决.

这是弹出的文本框中的最后几行, 前面的太长就不帖了,如果需要我再帖吧.

GPF> receptor_types A C HD K N NA OA SA Zn # receptor atom types

autogrid4: ERROR:  Unknown receptor type: "K"
-- Add parameters for it to the parameter library first!

autogrid4: ERROR:  Unsuccessful completion.

autogrid4: ERROR:  Unknown receptor type: "K"
-- Add parameters for it to the parameter library first!

autogrid4: ERROR:  Unsuccessful completion.

再帖一下配体的gpf文件
npts 60 60 60                        # num.grid points in xyz
gridfld lock.maps.fld                # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD K N NA OA SA Zn # receptor atom types
ligand_types A C F NA OA N SA        # ligand atom types
receptor lock.pdbqt                  # macromolecule
gridcenter 19.225 77.594 37.998      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map lock.A.map                       # atom-specific affinity map
map lock.C.map                       # atom-specific affinity map
map lock.F.map                       # atom-specific affinity map
map lock.NA.map                      # atom-specific affinity map
map lock.OA.map                      # atom-specific affinity map
map lock.N.map                       # atom-specific affinity map
map lock.SA.map                      # atom-specific affinity map
elecmap lock.e.map                   # electrostatic potential map
dsolvmap lock.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

此外还生成了lock.maps.fld和lock.maps.xyz两个空文件

[ Last edited by kevinly123 on 2012-11-13 at 13:19 ]
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1楼 2012-11-13 12:54:19
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-13 17:40:56
kevinly123: 金币+20, ★★★很有帮助, 十分感谢您! 如果要加入参数, 是哪些参数呢? 这是一个酶, ID是2VQJ. 我是完全新手,也无人教我, 如果您能告诉我怎么查参数的话是最好了. 2012-11-13 22:49:23
receptor中有K离子，不识别，一种方法是删掉它再做，还有就是在parameter中加入K的参数，具体参数我没有，建议查文献。
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2楼2012-11-13 16:36:03
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
kevinly123: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢! 2012-11-14 00:55:24
kevinly123: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 再次感谢. 我已经按照您的方法解决了autogrid的问题. 现在我在autodock中发现点击run autodock后新窗口出现以下语句"Running: autodock4 -p C:\My autodock\key.dpf"就一直没反应了, 我设置的GA run次数是50,不知您知道如何解决这个问题吗? 2012-11-15 01:05:29
看了一下你的酶，K离子应该是起稳定构象作用，离结合位点有一定距离，可以考虑删掉。
具体怎么查参数，印象中有人做过AutoDock Zn离子的参数，可以搜一下，具体文献也忘记了。
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3楼2012-11-13 23:06:19
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-14 19:40:11
1：考虑增加K离子的参数
2：用写字板打开pdb文件，直接删除K离子 那一行，然后保存成PDBQT
3：如果K离子没有在活性位点，单独把K离子的pdb保存下来，然后在对接后，打开dlg文件时候，同时打开K离子的pdb
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4楼2012-11-14 19:00:11
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2012-11-14 19:00:11
1：考虑增加K离子的参数
2：用写字板打开pdb文件，直接删除K离子 那一行，然后保存成PDBQT
3：如果K离子没有在活性位点，单独把K离子的pdb保存下来，然后在对接后，打开dlg文件时候，同时打开K离子的pdb

请问第3点是什么意思啊？"打开dlg文件时候，同时打开K离子的pdb",已经对接完了，谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
5楼2012-11-14 22:55:39
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kevinly123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longdlut at 2012-11-14 19:00:11
1：考虑增加K离子的参数
2：用写字板打开pdb文件，直接删除K离子 那一行，然后保存成PDBQT
3：如果K离子没有在活性位点，单独把K离子的pdb保存下来，然后在对接后，打开dlg文件时候，同时打开K离子的pdb

谢谢您的回复. 我用了楼上的方法解决了问题. 本来想给您金币的,但是系统显示"当前回帖不是应助回帖，您不能对此进行金币奖励哦". 不好意思.
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6楼2012-11-15 01:00:02
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
这个问题你描述的有些少。用的是WIN版的还是LINUX版的？用其他的蛋白成功对接过吗？
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7楼2012-11-15 11:19:16
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kevinly123

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by houxuben at 2012-11-15 11:19:16
这个问题你描述的有些少。用的是WIN版的还是LINUX版的？用其他的蛋白成功对接过吗？

我用的是win7 64bit系统. 这是我第一次用autodock,出现很多问题. 我上网搜索了一下,发现我用的mgltools是1.5.2版本的,好像有兼容问题,所以我就卸载后重装了1.5.6这个版本.现在却出现了新的问题. 如果您有时间,请看一下我刚发的这个帖子: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5184932&fpage=1
不甚感激.
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8楼2012-11-15 13:08:29
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-15 18:38:52
第三点：当你得到dlg文件后，虽然你是除去K离子后对接的，但是选择打开大分子的时候可以打开含K离子蛋白的PDB。。。。。。
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9楼2012-11-15 17:38:48
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