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新手autodock中autogrid出现问题
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新手菜鸟一个, 正在自学简单操作autodock. 从论坛中学习了很多, 谢谢大家了. 现在在autogrid运行中出现了问题,请教前辈如何解决. 这是弹出的文本框中的最后几行, 前面的太长就不帖了,如果需要我再帖吧. GPF> receptor_types A C HD K N NA OA SA Zn # receptor atom types autogrid4: ERROR: Unknown receptor type: "K" -- Add parameters for it to the parameter library first! autogrid4: ERROR: Unsuccessful completion. autogrid4: ERROR: Unknown receptor type: "K" -- Add parameters for it to the parameter library first! autogrid4: ERROR: Unsuccessful completion. 再帖一下配体的gpf文件 npts 60 60 60 # num.grid points in xyz gridfld lock.maps.fld # grid_data_file spacing 0.375 # spacing(A) receptor_types A C HD K N NA OA SA Zn # receptor atom types ligand_types A C F NA OA N SA # ligand atom types receptor lock.pdbqt # macromolecule gridcenter 19.225 77.594 37.998 # xyz-coordinates or auto smooth 0.5 # store minimum energy w/in rad(A) map lock.A.map # atom-specific affinity map map lock.C.map # atom-specific affinity map map lock.F.map # atom-specific affinity map map lock.NA.map # atom-specific affinity map map lock.OA.map # atom-specific affinity map map lock.N.map # atom-specific affinity map map lock.SA.map # atom-specific affinity map elecmap lock.e.map # electrostatic potential map dsolvmap lock.d.map # desolvation potential map dielectric -0.1465 # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant 此外还生成了lock.maps.fld和lock.maps.xyz两个空文件 [ Last edited by kevinly123 on 2012-11-13 at 13:19 ] |
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 Autodock |
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houxuben
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2楼2012-11-13 16:36:03
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kevinly123: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢! 2012-11-14 00:55:24
kevinly123: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 再次感谢. 我已经按照您的方法解决了autogrid的问题. 现在我在autodock中发现点击run autodock后新窗口出现以下语句"Running: autodock4 -p C:\My autodock\key.dpf"就一直没反应了, 我设置的GA run次数是50,不知您知道如何解决这个问题吗? 2012-11-15 01:05:29
kevinly123: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢! 2012-11-14 00:55:24
kevinly123: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 再次感谢. 我已经按照您的方法解决了autogrid的问题. 现在我在autodock中发现点击run autodock后新窗口出现以下语句"Running: autodock4 -p C:\My autodock\key.dpf"就一直没反应了, 我设置的GA run次数是50,不知您知道如何解决这个问题吗? 2012-11-15 01:05:29
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看了一下你的酶，K离子应该是起稳定构象作用，离结合位点有一定距离，可以考虑删掉。 具体怎么查参数，印象中有人做过AutoDock Zn离子的参数，可以搜一下，具体文献也忘记了。 |
3楼2012-11-13 23:06:19
4楼2012-11-14 19:00:11
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7楼2012-11-15 11:19:16
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我用的是win7 64bit系统. 这是我第一次用autodock,出现很多问题. 我上网搜索了一下,发现我用的mgltools是1.5.2版本的,好像有兼容问题,所以我就卸载后重装了1.5.6这个版本.现在却出现了新的问题. 如果您有时间,请看一下我刚发的这个帖子: http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5184932&fpage=1 不甚感激. |
8楼2012-11-15 13:08:29
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