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shidahua

木虫 (正式写手)

[求助] autodock 对接结果分析出错

各位专家：
我刚学习使用autodock进行分子对接，对接了几个都很好，但是有一个酶，对接之后分析结果时，analyze-----dockings---show interactions的时候总是出错。试着重复和好几次，改变前面处理的各种方法都不能解决问题。出现的问题如下，希望各位高手帮忙看看解决办法。非常感谢！

Python 2.5.2 (r252:60911, Feb 21 2008, 13:11:45) [MSC v.1310 32 bit (Intel)] on win32
Type "copyright", "credits" or "license()" for more information.

    ****************************************************************
    Personal firewall software may warn about the connection IDLE
    makes to its subprocess using this computer's internal loopback
    interface.  This connection is not visible on any external
    interface and no data is sent to or received from the Internet.
    ****************************************************************
   
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>> ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
MemoryError
no secondary structure set for chain:   !
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
MemoryError
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
MemoryError
adding gasteiger charges to  1VDVA
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\Updates\nightly_2012_03_30\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6rc3\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
MemoryError
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1楼 2012-11-01 05:07:26
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J君临天下

新虫 (初入文坛)
楼主，请问你这个问题当时是怎么解决的，急求，麻烦了
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5楼2015-07-02 09:19:05
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

dlg结果都出来了，应该不会出这种问题把！！
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2楼2012-11-01 18:03:18
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shidahua

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2012-11-01 18:03:18

dlg结果都出来了，应该不会出这种问题把！！

郁闷的很，对接结果出来了，就是在显示相互作用的时候出现了这个问题。呵呵。只能输出结果用plmole处理。但是plmole不能给出派派相互作用。不知道你有什么好的方法啊。谢谢！
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3楼2012-11-04 08:14:31
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-05 18:31:05
1：你的show intertaction 是不是在 analysis里面的呢？而不是在工具栏的display中显示呢？
2：建议用linux系统安装MGTOOLS，打开dlg和大分子，一般不会出问题！！
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4楼2012-11-05 17:32:28
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