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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用gromacs做分子模拟的时候出现分子无法识别的情况
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bigtom999

至尊木虫 (文坛精英)

国家安全事务助理

[交流] 用gromacs做分子模拟的时候出现分子无法识别的情况 已有3人参与

gromacs version4.0.7  小分子与膜蛋白作用模拟  加膜时伴随能量最小化出现
Fatal error：
No such moleculartype ouabain（用于模拟的小分子）

不知道这种情况是什么原因  如何解决？
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1楼 2012-10-31 21:37:54
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bigtom999

至尊木虫 (文坛精英)

国家安全事务助理
引用回帖:
5楼: Originally posted by fcy520 at 2012-11-01 13:47:42
我就是用PRODRG生成的，也加入到拓扑文件了，就是不知道怎么回事啦

已经解决了   谢谢！
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6楼2012-11-02 08:59:52
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
太简单了，你的小分子没有定义啊？
赞一下 回复此楼
2楼2012-10-31 22:08:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流,记着，以后也许就有用 2012-11-01 09:26:44
木有小分子力场啊~~
可以用两种在线服务器派生：
1.ATB:http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
2.PRODRG:http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
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3楼2012-11-01 08:47:50
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fcy520

新虫 (初入文坛)
小分子没有定义是什么意思
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-01 13:46:31
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