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用gromacs做分子模拟的时候出现分子无法识别的情况
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bigtom999
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专业: 生物信息学
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用gromacs做分子模拟的时候出现分子无法识别的情况
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gromacs version4.0.7 小分子与膜蛋白作用模拟 加膜时伴随能量最小化出现
Fatal error:
No such moleculartype ouabain(用于模拟的小分子)
不知道这种情况是什么原因 如何解决?
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1楼
2012-10-31 21:37:54
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fcy520
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注册: 2012-08-25
专业: 蛋白质组学
小分子没有定义是什么意思
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4楼
2012-11-01 13:46:31
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jiaoyixiong
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虫号: 1108016
注册: 2010-09-26
性别: GG
专业: 流体力学
管辖:
分子模拟
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
太简单了,你的小分子没有定义啊?
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2楼
2012-10-31 22:08:20
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zh1987hs
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注册: 2008-09-02
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专业: 环境生物物理
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流,记着,以后也许就有用
2012-11-01 09:26:44
木有小分子力场啊~~
可以用两种在线服务器派生:
1.ATB:
http://compbio.biosci.uq.edu.au/atb/
2.PRODRG:
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
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3楼
2012-11-01 08:47:50
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fcy520
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注册: 2012-08-25
专业: 蛋白质组学
我就是用PRODRG生成的,也加入到拓扑文件了,就是不知道怎么回事啦
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5楼
2012-11-01 13:47:42
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