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zwnjust

至尊木虫 (职业作家)

至尊木虫

[求助] 求Gaussian高手指点(寻找过渡态)!!

各位大侠:
本人在研究材料的裂解机理,想借助Gaussian寻找反应中间体或过渡态,
反应都是A——>B+C的类型,但是我是Gaussian新手,看了很多帖子和资料,还是不会寻找,如果哪位大虾能够帮助我解决问题,我将会重金(金币)酬谢,如果结果好!再追加币币!
我的研究的反应见下图,希望您能够帮我寻找一下过渡态,或者举一个A——>B+c反应的例子,最后能截图或者给出具体过程,本人是Gaussian菜鸟~~不甚感激

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2.jpg

[ Last edited by zwnjust on 2012-10-29 at 15:26 ]
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至尊木虫
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CKX

木虫 (著名写手)

第一个算下键能就可以了,第二个可能需要分解为几个步骤后计算。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2012-10-30 07:36:05
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zhoufeng1982

木虫 (著名写手)

知道了啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊
3楼2012-10-30 09:00:02
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ylzhao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zwnjust: 金币+5, 有帮助 2012-10-30 20:32:53
我以前做过一些过渡态寻找,按我的经验看,比较好确定的过渡态结构基本都是新键生成和旧键断裂的一个过渡模型,而且反应物和生成物都是中性饱和态分子。按照你给出的反应,生成物包含了自由基,只能说这样的反应不容易找过渡态。你想象一下,裂解生成两个自由基,不是马上又会结合在一起回到反应物的状态吗?
或许你可以重新设计一下化学反应路线,使得计算合理化。
4楼2012-10-30 09:26:18
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zwnjust

至尊木虫 (职业作家)

至尊木虫

引用回帖:
4楼: Originally posted by ylzhao at 2012-10-30 09:26:18
我以前做过一些过渡态寻找,按我的经验看,比较好确定的过渡态结构基本都是新键生成和旧键断裂的一个过渡模型,而且反应物和生成物都是中性饱和态分子。按照你给出的反应,生成物包含了自由基,只能说这样的反应不容 ...

太谢谢你啦。我是按照质谱碎片,提出的分解机理,可能反应不合理,但是只有这样才能解释质谱检测的碎片,所以想看看能不能用量子化学去解释,不知道能行的通不,自己对量子化学又懂得不多,所以希望大家能够指点指点~再次谢谢你啊
至尊木虫
5楼2012-10-30 20:37:15
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xy00083789

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zwnjust: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢你 2012-11-01 20:45:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by zwnjust at 2012-10-30 20:37:15
太谢谢你啦。我是按照质谱碎片,提出的分解机理,可能反应不合理,但是只有这样才能解释质谱检测的碎片,所以想看看能不能用量子化学去解释,不知道能行的通不,自己对量子化学又懂得不多,所以希望大家能够指点指 ...

你用的是EI源么?如果是的话,EI源本身可以提供70ev的能量,足以促使某些热力学不支持的反应发生,相应的中间体就更难寻找一些。若是软电离源还好一些。
如3楼所说,活化能是旧键断裂吸热与新键生成放热的平衡点,裂解成自由基的过程本身只涉及断裂,过渡态能量极其接近产物能量,根据哈蒙德能量近似结构近似的基本假设,过渡态与裂解产物的结构几近相同。而对于裂解产物来说,是一个反应的中间体,但是其处于势能面上较高的位置,极其容易滑落下来,你可以尝试着先用局部优化的方法试试找找那个稳定点,再放开,普通的方法肯定优化不到你的那个产物。
欢迎大家指正!!
欢迎交流zhongyue.yang@yahoo.cn
6楼2012-11-01 09:11:15
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t13340033021

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zwnjust: 金币+10, ★★★很有帮助, 太谢谢您啦! 2012-11-01 20:56:58
高能材料的MS碎片离子...把断裂的键拉长,用opt的TS关键字找过渡态,如果不仅仅是热解离的话考虑加上正负电荷试试
甲烷无敌
7楼2012-11-01 12:04:35
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zwnjust

至尊木虫 (职业作家)

至尊木虫

引用回帖:
6楼: Originally posted by xy00083789 at 2012-11-01 09:11:15
你用的是EI源么?如果是的话,EI源本身可以提供70ev的能量,足以促使某些热力学不支持的反应发生,相应的中间体就更难寻找一些。若是软电离源还好一些。
如3楼所说,活化能是旧键断裂吸热与新键生成放热的平衡点, ...

首先谢谢您的耐心回复!您说的很对!我用的是激光源,引发了一些热力学不支持的反应,不知道能不能用量子化学去解释,比如说从过渡态理论,这些检测到的中间态都是带电荷的(在帖子中没有标出电荷),因为我对量子化学懂得很少,读了一些资料,还是没有找到突破口。您说的局部优化方法找稳定点是怎么做?我还是不懂,您能给我具体介绍一下么?或者能举一个例子么?太谢谢您啦!
至尊木虫
8楼2012-11-01 20:55:46
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zwnjust

至尊木虫 (职业作家)

至尊木虫

引用回帖:
7楼: Originally posted by t13340033021 at 2012-11-01 12:04:35
高能材料的MS碎片离子...把断裂的键拉长,用opt的TS关键字找过渡态,如果不仅仅是热解离的话考虑加上正负电荷试试

太谢谢您啦,谢谢您的提示,因为gaussian刚学不久,还是有很多东西不明白,您能帮我举个简单的算例么?如果可行,将会补齐金币,O(∩_∩)O~再次谢谢您,拜托啦
至尊木虫
9楼2012-11-01 20:59:31
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zwnjust

至尊木虫 (职业作家)

至尊木虫

引用回帖:
7楼: Originally posted by t13340033021 at 2012-11-01 12:04:35
高能材料的MS碎片离子...把断裂的键拉长,用opt的TS关键字找过渡态,如果不仅仅是热解离的话考虑加上正负电荷试试

我的邮箱:zwnjust2005@163.com谢啦
至尊木虫
10楼2012-11-01 21:02:17
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