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cug_zhang

金虫 (正式写手)

[求助] 如何在Windows版本的Gaussian中使用LANL2DZ ECP基组

我是Gaussian新手,刚接触Gaussian没多长时间,主要计算一些团簇的结构与电子性质。现在使用B3LYP/LANL2DZ计算SrSin,在计算它的NBO时候出现问题,报错为:Subroutine NAOANL could not find a d-type valence orbital on atom Sr 。我按照提示在论坛中找到解决方法是采用LANL2DZ ECP可以解决,论坛也给出了例子:
所有原子使用lanl2dz的另一种输入方法。
--------------------------
#HF/genecp opt
lanl2dz for all atoms
0  2
O  0.0 0.0 0.0
C  0.0 0.0 1.2
Cu 0.0 0.0 3.2
C O 0
lanl2dz
****
Cu 0
lanl2dz    //定义价电子的基组
****
Cu 0
lanl2dz   //定义内层电子的赝势
现在的问题是:例子是在Linux下做到输入文件,我对Linux不熟悉,一直是在Windows环境下计算的。请高手指点一下,如何在Gview5.0或Gaussian9中设置参数才能使用LANL2DZ ECP,可能的话给个详细步骤吧。谢谢!
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
https://bse.pnl.gov/bse/
直接在这个下面下载好就行
2楼2013-02-21 07:28:32
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cug_zhang

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-02-21 07:28:32
https://bse.pnl.gov/bse/
直接在这个下面下载好就行

2楼的,你好!我按照你给的网址,找到关于Sr的LANL2DZ ECP,格式选择的是Gaussian94,点击下载,出现:
!  LANL2DZ ECP  EMSL  Basis Set Exchange Library   2/20/13 7:14 PM
! Elements                             References
! --------                             ----------
! Na - Hg: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 270 (1985).
!          P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
!          P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
!   


****

SR     0
SR-ECP     3     28
f potential
  5
0    782.3804631             -0.0384323        
1    124.6542338            -20.6174271        
2     36.9874966           -101.1737744        
2      9.8828819            -38.7743603        
2      3.2829588             -4.6479243        
s-f potential
  4
0     59.3240631              2.9989022        
1     55.2038472             25.6552669        
2     20.4692092            183.1818533        
2      3.9588141             58.4384739        
p-f potential
  5
0     92.1201991              4.9551189        
1     46.8132559             25.4472367        
2     48.6566432            203.8002780        
2     14.9503238            155.0518740        
2      3.4268785             39.3605192        
d-f potential
  5
0     65.8291301              3.0056451        
1     32.7282621             26.7064119        
2     21.1146030             74.5756901        
2      9.1071292             63.1742121        
2      2.8110754             20.2961162

问题是这个东西是不是我用个记事本保存起来,后缀名是啥呀?如何导入到Windows版本的Gaussian2中呀?小弟新手,请指点一下,谢谢!
3楼2013-02-21 11:18:42
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

Gaussian2是什么版本?直接把机组部分粘贴到gjf文件最下面
4楼2013-02-21 12:08:28
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cug_zhang

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-02-21 12:08:28
Gaussian2是什么版本?直接把机组部分粘贴到gjf文件最下面

是写错了,Gaussian09
5楼2013-02-22 10:05:52
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cug_zhang

金虫 (正式写手)

2楼的,你好!我按照你的提示把基组部分粘贴到我的gif文件最后,还是报错。下面给出了gif文件,请帮忙看看是哪里出问题了,谢谢!
我主要是想算NBO,看电荷转移
SrSi2:
%chk=F:\SrSi2.chk
#p opt freq b3lyp/lanl2dz pop=(nbo,savenbo) geom=connectivity

SrSi2

0 1
Si                 0.49476738   -0.16224632    0.00000000
Si                 2.41551123   -3.95122891    0.00000000
Sr                -1.82621587   -3.72015058    0.00000000

1 2 1.0 3 1.0
2 3 1.0
3

SR     0
SR-ECP     3     28
f potential
  5
0    782.3804631             -0.0384323
1    124.6542338            -20.6174271
2     36.9874966           -101.1737744
2      9.8828819            -38.7743603
2      3.2829588             -4.6479243
s-f potential
  4
0     59.3240631              2.9989022
1     55.2038472             25.6552669
2     20.4692092            183.1818533
2      3.9588141             58.4384739
p-f potential
  5
0     92.1201991              4.9551189
1     46.8132559             25.4472367
2     48.6566432            203.8002780
2     14.9503238            155.0518740
2      3.4268785             39.3605192
d-f potential
  5
0     65.8291301              3.0056451
1     32.7282621             26.7064119
2     21.1146030             74.5756901
2      9.1071292             63.1742121
2      2.8110754             20.2961162
6楼2013-02-22 16:31:29
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cug_zhang

金虫 (正式写手)

我把一个输入文件放上来,请高手帮忙看看是哪里出问题了。谢谢
%chk=F:\Si2Sr.chk
#p opt freq b3lyp/lanl2dz pop=(nbo,savenbo) geom=connectivity

Si2Sr

0 1
Si                 0.49476738   -0.16224632    0.00000000
Si                 2.41551123   -3.95122891    0.00000000
Sr                -1.82621587   -3.72015058    0.00000000

1 2 1.0 3 1.0
2 3 1.0
3



****
Sr     0
S   3   1.00
      1.6480000             -0.9519879        
      1.0030000              1.0869857        
      0.3106000              0.7203160        
S   4   1.00
      1.6480000              0.7914337        
      1.0030000             -0.9434046        
      0.3106000             -1.3043063        
      0.1099000              0.9046869        
S   1   1.00
      0.0292000              1.0000000        
P   3   1.00
      3.5520000             -0.0886461        
      0.6975000              0.6661857        
      0.2480000              0.4390705        
P   2   1.00
      0.2735000             -0.1787470        
      0.0570000              1.0766134        
P   1   1.00
      0.0222000              1.0000000        
****

SR     0
SR-ECP     3     28
f potential
  5
0    782.3804631             -0.0384323        
1    124.6542338            -20.6174271        
2     36.9874966           -101.1737744        
2      9.8828819            -38.7743603        
2      3.2829588             -4.6479243        
s-f potential
  4
0     59.3240631              2.9989022        
1     55.2038472             25.6552669        
2     20.4692092            183.1818533        
2      3.9588141             58.4384739        
p-f potential
  5
0     92.1201991              4.9551189        
1     46.8132559             25.4472367        
2     48.6566432            203.8002780        
2     14.9503238            155.0518740        
2      3.4268785             39.3605192        
d-f potential
  5
0     65.8291301              3.0056451        
1     32.7282621             26.7064119        
2     21.1146030             74.5756901        
2      9.1071292             63.1742121        
2      2.8110754             20.2961162

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  • 附件 1 : Si2Sr.gjf
  • 2013-02-22 22:02:04, 2.09 K
7楼2013-02-22 22:02:15
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chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cug_zhang: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-02-25 23:28:08
下不了你的附件。
给你写了个例子:(空行)就是要空一行。你没说你的Si用什么基组,我随手写了一个。

%chk=F:\Si2Sr.chk
#p opt freq b3lyp/gen pop=(nbo,savenbo) geom=connectivity pseudo=read

Si2Sr

0 1
Si                 0.49476738   -0.16224632    0.00000000
Si                 2.41551123   -3.95122891    0.00000000
Sr                -1.82621587   -3.72015058    0.00000000
(空行)
Si
6-31G(d)
****
Sr     0
S   3   1.00
      1.6480000             -0.9519879        
      1.0030000              1.0869857        
      0.3106000              0.7203160        
S   4   1.00
      1.6480000              0.7914337        
      1.0030000             -0.9434046        
      0.3106000             -1.3043063        
      0.1099000              0.9046869        
S   1   1.00
      0.0292000              1.0000000        
P   3   1.00
      3.5520000             -0.0886461        
      0.6975000              0.6661857        
      0.2480000              0.4390705        
P   2   1.00
      0.2735000             -0.1787470        
      0.0570000              1.0766134        
P   1   1.00
      0.0222000              1.0000000        
****
(空行)
SR     0
SR-ECP     3     28
f potential
  5
0    782.3804631             -0.0384323        
1    124.6542338            -20.6174271        
2     36.9874966           -101.1737744        
2      9.8828819            -38.7743603        
2      3.2829588             -4.6479243        
s-f potential
  4
0     59.3240631              2.9989022        
1     55.2038472             25.6552669        
2     20.4692092            183.1818533        
2      3.9588141             58.4384739        
p-f potential
  5
0     92.1201991              4.9551189        
1     46.8132559             25.4472367        
2     48.6566432            203.8002780        
2     14.9503238            155.0518740        
2      3.4268785             39.3605192        
d-f potential
  5
0     65.8291301              3.0056451        
1     32.7282621             26.7064119        
2     21.1146030             74.5756901        
2      9.1071292             63.1742121        
2      2.8110754             20.2961162
(空行)
8楼2013-02-23 05:38:48
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chembetsey

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by chembetsey at 2013-02-23 05:38:48
下不了你的附件。
给你写了个例子:(空行)就是要空一行。你没说你的Si用什么基组,我随手写了一个。

%chk=F:\Si2Sr.chk
#p opt freq b3lyp/gen pop=(nbo,savenbo) geom=connectivity pseudo=read

Si2Sr
...

#p opt freq b3lyp/gen pop=(nbo,savenbo) geom=connectivity pseudo=read

应该把geom=connectivity  删掉。因为我把connectivity的信息删了。
9楼2013-02-23 05:41:15
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10楼2014-03-20 15:03:54
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