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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】在Gaussianview中过渡金属形成的配位键如何表示，就用系统里的单键表示吗？
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zhficcas

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】在Gaussianview中过渡金属形成的配位键如何表示，就用系统里的单键表示吗？ 已有4人参与

在Gaussianview中过渡金属形成的配位键如何表示，就用上面的单键表示吗？
还有，我对包含羰基的过度金属配合物采用b3lyp/lanl2dz（过度金属），3-21g（其他原子）优化后，过渡金属与羰基的键总是变成了双键！原来的构型里是单键的，一直比较困惑，是输入文件的问题，还是基组没有选对，有兴趣的虫虫指点一下，多谢！
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1楼 2010-10-04 10:54:41
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
现在的新人进版就开始问问题，既不看高斯说明书，也不看置顶的FAQ，懒到这种地步啊。。。
楼主请先把置顶的帖子FAQ看完，再提问题吧。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2010-10-04 11:49:10
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zhficcas

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-10-04 11:49:10:
现在的新人进版就开始问问题，既不看高斯说明书，也不看置顶的FAQ，懒到这种地步啊。。。
楼主请先把置顶的帖子FAQ看完，再提问题吧。

呵呵，多谢提醒！高斯说明书，我下载了一个但没有对类似的说明，相关的问题，我在网上也找了几天了，但都没有答案，FAQ我先看看，能否解决问题。
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3楼2010-10-04 12:17:04
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
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http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146
这是GaussianFAQ的网址

打开之后先看第三章第一节
你的问题就得到解答了
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4楼2010-10-04 15:58:09
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你用的既然是dft方法，那么，我们明确的告诉您，dft方法中没有键的概念。即使有，也是对dft使用aim或nbo等方法而附加上的概念

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-10-4 at 16:02 ]
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5楼2010-10-04 16:00:01
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zhficcas

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-10-04 16:00:01:
你用的既然是dft方法，那么，我们明确的告诉您，dft方法中没有键的概念。即使有，也是对dft使用aim或nbo等方法而附加上的概念

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-10-4 at 16:02 ]

谢谢提供，您说的我看到了。这里我还有一个在运行高斯时遇到的，不知您有兴趣给俺说一下，我用如下输入文件

#p b3lyp/ gen pseudo=read opt

0 1

分子构型如下输入：
Re
C                  1              B1
C                  1              B2    2              A1
O                  3              B3    1              A2    2              D1
O                  2              B4    1              A3    3              D2
Cl                 1              B5    2              A4    5              D3
C                  1              B6    2              A5    5              D4
C                  7              B7    1              A6    2              D5
C                  7              B8    1              A7    2              D6
C                  7              B9    1              A8    2              D7
C                  8             B10    7              A9    1              D8
H                  8             B11    7             A10    1              D9
C                  9             B12    7             A11    1             D10
C                 10             B13    7             A12    1             D11
H                 10             B14    7             A13    1             D12
C                 11             B15    8             A14    7             D13
H                 11             B16    8             A15    7             D14
C                 13             B17    9             A16    7             D15
H                 14             B18   10             A17    7             D16
H                 16             B19   11             A18    8             D17
C                 18             B20   13             A19    9             D18
C                 13             B21    9             A20    7             D19
H                 21             B22   18             A21   13             D20
C                 21             B23   18             A22   13             D21
H                 22             B24   13             A23    9             D22
H                 24             B25   21             A24   18             D23
N                 16             B26   11             A25    8             D24
N                 22             B27   13             A26    9             D25
C                  1             B28    2             A27    5             D26
O                 29             B29    1             A28    2             D27

   B1             1.90343126
   B2             1.97991537
   B3             1.17970293
   B4             1.19530177
   B5             2.54602346
   B6             4.37529900
   B7             1.42037285
   B8             1.42249247
   B9             1.44559559
   B10            1.39615220
   B11            1.08634548
   B12            1.43183404
   B13            1.37589544
   B14            1.08717433
   B15            1.41142366
   B16            1.08495457
   B17            1.42223677
   B18            1.08721617
   B19            1.08234508
   B20            1.42165439
   B21            2.35068240
   B22            1.08692047
   B23            1.39539374
   B24            1.08587367
   B25            1.08482340
   B26            1.35778961
   B27            1.34899082
   B28            1.97980369
   B29            1.17971893
   A1            88.46923496
   A2           176.41934092
   A3           177.27077958
   A4            97.81091966
   A5           115.53019610
   A6           106.01919182
   A7            11.91316692
   A8           130.52793261
   A9           118.75952887
   A10          120.18232230
   A11          120.05292644
   A12          121.25244346
   A13          118.29801024
   A14          120.28619281
   A15          121.21107908
   A16          120.59064361
   A17          120.49827131
   A18          120.98391300
   A19          117.46024521
   A20          146.93870937
   A21          119.86179783
   A22          119.30164209
   A23          146.54253809
   A24          121.22362404
   A25          122.52719023
   A26           30.85955052
   A27           88.47141497
   A28          176.40265550
   D1            58.58089102
   D2            94.62895961
   D3          -179.96572506
   D4             0.03457272
   D5             0.00299300
   D6          -179.99592871
   D7          -179.99620313
   D8             0.00000000
   D9          -180.00000000
   D10         -180.00000000
   D11            0.00000000
   D12         -180.00000000
   D13            0.00000000
   D14         -180.00000000
   D15            0.00000000
   D16          180.00000000
   D17         -180.00000000
   D18         -180.00000000
   D19         -180.00000000
   D20         -180.00000000
   D21            0.00000000
   D22            0.00000000
   D23          180.00000000
   D24            0.00000000
   D25            0.00000000
   D26          -94.57091976
   D27          -58.66339592

1 2 1.0 3 1.0 29 1.0 28 1.0 27 1.0 6 1.0
2 5 2.0
3 4 2.0
4
5
6
7 8 1.5 9 1.5 10 1.5
8 11 1.5 12 1.0
9 13 1.5 27 1.0
10 14 2.0 15 1.0
11 16 1.5 17 1.0
12
13 18 1.5 28 1.5
14 18 1.5 19 1.0
15
16 20 1.0 27 1.5
17
18 21 1.5
19
20
21 23 1.0 24 1.5
22 24 1.5 25 1.0 28 1.5
23
24 26 1.0
25
26
27
28
29 30 2.0
30

Re 0
lanl2dz
****
H C N O Cl 0
3-21g
****

Re 0
lanl2dz

这样输入，高斯提示无法运行！
然后分子构型我采用如下输入，却可以，不知道为什么。

Re
C                  1              B1
C                  1              B2    2              A1
O                  3              B3    1              A2    2              D1
O                  2              B4    1              A3    3              D2
Cl                 1              B5    2              A4    5              D3
C                  1              B6    2              A5    5              D4
C                  7              B7    1              A6    2              D5
C                  7              B8    1              A7    2              D6
C                  7              B9    1              A8    2              D7
C                  8             B10    7              A9    1              D8
H                  8             B11    7             A10    1              D9
C                  9             B12    7             A11    1             D10
C                 10             B13    7             A12    1             D11
H                 10             B14    7             A13    1             D12
C                 11             B15    8             A14    7             D13
H                 11             B16    8             A15    7             D14
C                 13             B17    9             A16    7             D15
H                 14             B18   10             A17    7             D16
H                 16             B19   11             A18    8             D17
C                 18             B20   13             A19    9             D18
C                 13             B21    9             A20    7             D19
H                 21             B22   18             A21   13             D20
C                 21             B23   18             A22   13             D21
H                 22             B24   13             A23    9             D22
H                 24             B25   21             A24   18             D23
N                 16             B26   11             A25    8             D24
N                 22             B27   13             A26    9             D25
C                  1             B28    2             A27    5             D26
O                 29             B29    1             A28    2             D27

   B1             1.90343126
   B2             1.97991537
   B3             1.17970293
   B4             1.19530177
   B5             2.54602346
   B6             4.37529900
   B7             1.42037285
   B8             1.42249247
   B9             1.44559559
   B10            1.39615220
   B11            1.08634548
   B12            1.43183404
   B13            1.37589544
   B14            1.08717433
   B15            1.41142366
   B16            1.08495457
   B17            1.42223677
   B18            1.08721617
   B19            1.08234508
   B20            1.42165439
   B21            2.35068240
   B22            1.08692047
   B23            1.39539374
   B24            1.08587367
   B25            1.08482340
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   B27            1.34899082
   B28            1.97980369
   B29            1.17971893
   A1            88.46923496
   A2           176.41934092
   A3           177.27077958
   A4            97.81091966
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   A6           106.01919182
   A7            11.91316692
   A8           130.52793261
   A9           118.75952887
   A10          120.18232230
   A11          120.05292644
   A12          121.25244346
   A13          118.29801024
   A14          120.28619281
   A15          121.21107908
   A16          120.59064361
   A17          120.49827131
   A18          120.98391300
   A19          117.46024521
   A20          146.93870937
   A21          119.86179783
   A22          119.30164209
   A23          146.54253809
   A24          121.22362404
   A25          122.52719023
   A26           30.85955052
   A27           88.47141497
   A28          176.40265550
   D1            58.58089102
   D2            94.62895961
   D3          -179.96572506
   D4             0.03457272
   D5             0.00299300
   D6          -179.99592871
   D7          -179.99620313
   D8             0.00000000
   D9          -180.00000000
   D10         -180.00000000
   D11            0.00000000
   D12         -180.00000000
   D13            0.00000000
   D14         -180.00000000
   D15            0.00000000
   D16          180.00000000
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   D26          -94.57091976
   D27          -58.66339592

Re 0
lanl2dz
****
H C N O Cl 0
3-21g
****

Re 0
lanl2dz
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6楼2010-10-05 08:15:29
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
这样输入，高斯提示无法运行！

错误提示是啥呀？每个新人问问题都会这样不清楚……
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7楼2010-10-05 11:09:22
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
这样输入，高斯提示无法运行！

这里不是说了么？
电脑屏幕中跳出一个叫做高斯的人，用锤子砸了他的头一下，然后冲着他的耳朵大喊了一句：“无法运行”，然后就死掉了。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
8楼2010-10-05 11:20:11
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zhficcas

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-10-05 11:09:22:

错误提示是啥呀？每个新人问问题都会这样不清楚……

不好意思！
学习中
改正错误！

[ Last edited by zhficcas on 2010-10-5 at 15:28 ]
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9楼2010-10-05 11:34:57
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鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
无语了呢……版主快要封你了哈，赶紧把那个可怕的数字删掉……别说是我告诉你的哈
原因见量子化学版版规
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1666402
快删掉快删掉
趁着斑竹们还没看到……
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己所不欲，勿施于人；己所欲者，亦勿施人。无论穷达，但守本分；八风不动，独善自身。
10楼2010-10-05 11:50:40
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