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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian09输入文件
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herarysara

木虫 (小有名气)

[求助] gaussian09输入文件

站内有很多关于linux下Gaussian 输入文件问题，可是还是不能解决，希望大家再帮帮忙。
问题：运行g09（g09 AuCl3.gjf）后出现：ntrex1: Bad file descriptor
同时检查了 l AuCl3.gjf more AuCl3.gjf 都没有问题。如图示。
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1楼2011-06-13 10:11:10
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herarysara

木虫 (小有名气)
同时 我想知道输入文件如果正确后，会有什么标志结果输出？
又应该怎样设置计算参数？初学者急用，谢谢大家...
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2楼2011-06-13 10:12:42
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-06-13 10:41:58
zhou2009(金币+3): 2011-06-13 10:44:10
herarysara(金币+50): 20 2011-06-13 14:50:18
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-06-13 10:11:10:
站内有很多关于linux下Gaussian 输入文件问题，可是还是不能解决，希望大家再帮帮忙。
问题：运行g09（g09 AuCl3.gjf）后出现：ntrex1: Bad file descriptor
同时检查了 l AuCl3.gjf more AuCl3.gjf 都没有问题 ...

楼主输入文件可能存在下面几个问题：一个是没有指定计算所使用的核数和内存，一般在开始用%nproc=3换行%mem=2GB来表示。
另外楼主计算的原子可能不适合用3-21这么小的基组，应该用赝势场基组才对。我写了一个com文件，以供楼主参考。里面的分子坐标请自行替换掉就可以了。
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3楼2011-06-13 10:32:55
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kaegi

金虫 (小有名气)
还有那个chk文件我不知道这么写对不对，不过我建议就写成%chk=AuCl.chk就可以了。指定路径不清楚是否可以，楼主可以都试试看。
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4楼2011-06-13 10:34:36
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kaegi

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zhou2009: 2011-06-13 10:44:10
zhou2009(金币+1): 2011-06-13 10:46:48
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-06-13 10:52:25
哦，还有个可能需要注意的是，在linux模式下运行作业是需要把文件的格式转变为对应系统下的格式，否则有的表示系统是不认识的。哎，人老了，一时间想问题就想不全。。。
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5楼2011-06-13 10:36:46
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-06-13 10:46:03
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-06-13 10:52:19
https://bse.pnl.gov/bse/portal
楼主可以到上面的网站查一下基组适用范围，Au很明显不适合用3-21g算，推荐适用赝势场基组
cpu数，内存，使用的硬盘大小等等高斯一般有默认的设置，但最好还是自己设置好
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
6楼2011-06-13 10:43:20
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herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-06-13 10:32:55:
楼主输入文件可能存在下面几个问题：一个是没有指定计算所使用的核数和内存，一般在开始用%nproc=3换行%mem=2GB来表示。
另外楼主计算的原子可能不适合用3-21这么小的基组，应该用赝势场基组才对。我写了一个 ...

你好，非常感谢，现在任务能提交了。不过用ps aux | grep gaussian09查看任务进程显示：root     30830  0.0  0.0   3028   748 pts/7    S+   15:12   0:00 grep gaussian09而且30830不断增加，我不知道是什么意思，应该怎样查看任务的运行状况？还有输出文件out里面好像什么都没有...
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7楼2011-06-13 14:49:41
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
Bad file descriptor  你可以查查这句什么意思....
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
8楼2011-06-13 16:30:01
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kaegi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-06-13 14:49:41:
你好，非常感谢，现在任务能提交了。不过用ps aux | grep gaussian09查看任务进程显示：root     30830  0.0  0.0   3028   748 pts/7    S+   15:12   0:00 grep gaussian09而且30830不断增加，我不知道是什么 ...

我一般只查看计算产生的log文件。一般优化的话用grep NO XX.log查看四个优化收敛的标准是否都达到了，如果数值整体趋势是缩小，四个标准逐渐达到，说明优化可能是没问题的。期待其他计算机高手继续解答。
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9楼2011-06-13 18:53:01
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