应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian09输入文件
51/1返回列表
查看: 3338  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

herarysara

木虫 (小有名气)

[求助] gaussian09输入文件

站内有很多关于linux下Gaussian 输入文件问题，可是还是不能解决，希望大家再帮帮忙。
问题：运行g09（g09 AuCl3.gjf）后出现：ntrex1: Bad file descriptor
同时检查了 l AuCl3.gjf more AuCl3.gjf 都没有问题。如图示。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-13 10:11:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaegi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-06-13 14:49:41:
你好，非常感谢，现在任务能提交了。不过用ps aux | grep gaussian09查看任务进程显示：root     30830  0.0  0.0   3028   748 pts/7    S+   15:12   0:00 grep gaussian09而且30830不断增加，我不知道是什么 ...

我一般只查看计算产生的log文件。一般优化的话用grep NO XX.log查看四个优化收敛的标准是否都达到了，如果数值整体趋势是缩小，四个标准逐渐达到，说明优化可能是没问题的。期待其他计算机高手继续解答。
赞一下 回复此楼
9楼2011-06-13 18:53:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

herarysara

木虫 (小有名气)
同时 我想知道输入文件如果正确后，会有什么标志结果输出？
又应该怎样设置计算参数？初学者急用，谢谢大家...
赞一下 回复此楼
2楼2011-06-13 10:12:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-06-13 10:41:58
zhou2009(金币+3): 2011-06-13 10:44:10
herarysara(金币+50): 20 2011-06-13 14:50:18
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-06-13 10:11:10:
站内有很多关于linux下Gaussian 输入文件问题，可是还是不能解决，希望大家再帮帮忙。
问题：运行g09（g09 AuCl3.gjf）后出现：ntrex1: Bad file descriptor
同时检查了 l AuCl3.gjf more AuCl3.gjf 都没有问题 ...

楼主输入文件可能存在下面几个问题：一个是没有指定计算所使用的核数和内存，一般在开始用%nproc=3换行%mem=2GB来表示。
另外楼主计算的原子可能不适合用3-21这么小的基组，应该用赝势场基组才对。我写了一个com文件，以供楼主参考。里面的分子坐标请自行替换掉就可以了。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-06-13 10:32:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaegi

金虫 (小有名气)
还有那个chk文件我不知道这么写对不对，不过我建议就写成%chk=AuCl.chk就可以了。指定路径不清楚是否可以，楼主可以都试试看。
赞一下 回复此楼
4楼2011-06-13 10:34:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +19 羊腰板 2026-08-21 22/1100 2026-08-25 10:38 by popular289
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 明天应该可查了！？ +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 什么时候开奖？ +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭