应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian09输入文件
91/1返回列表
查看: 3355  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

herarysara

木虫 (小有名气)

[求助] gaussian09输入文件

站内有很多关于linux下Gaussian 输入文件问题，可是还是不能解决，希望大家再帮帮忙。
问题：运行g09（g09 AuCl3.gjf）后出现：ntrex1: Bad file descriptor
同时检查了 l AuCl3.gjf more AuCl3.gjf 都没有问题。如图示。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-13 10:11:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
同时 我想知道输入文件如果正确后，会有什么标志结果输出？
又应该怎样设置计算参数？初学者急用，谢谢大家...
赞一下 回复此楼
2楼2011-06-13 10:12:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-06-13 10:41:58
zhou2009(金币+3): 2011-06-13 10:44:10
herarysara(金币+50): 20 2011-06-13 14:50:18
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-06-13 10:11:10:
站内有很多关于linux下Gaussian 输入文件问题，可是还是不能解决，希望大家再帮帮忙。
问题：运行g09（g09 AuCl3.gjf）后出现：ntrex1: Bad file descriptor
同时检查了 l AuCl3.gjf more AuCl3.gjf 都没有问题 ...

楼主输入文件可能存在下面几个问题：一个是没有指定计算所使用的核数和内存，一般在开始用%nproc=3换行%mem=2GB来表示。
另外楼主计算的原子可能不适合用3-21这么小的基组，应该用赝势场基组才对。我写了一个com文件，以供楼主参考。里面的分子坐标请自行替换掉就可以了。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-06-13 10:32:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaegi

金虫 (小有名气)
还有那个chk文件我不知道这么写对不对，不过我建议就写成%chk=AuCl.chk就可以了。指定路径不清楚是否可以，楼主可以都试试看。
赞一下 回复此楼
4楼2011-06-13 10:34:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaegi

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zhou2009: 2011-06-13 10:44:10
zhou2009(金币+1): 2011-06-13 10:46:48
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-06-13 10:52:25
哦，还有个可能需要注意的是，在linux模式下运行作业是需要把文件的格式转变为对应系统下的格式，否则有的表示系统是不认识的。哎，人老了，一时间想问题就想不全。。。
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2011-06-13 10:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-06-13 10:46:03
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-06-13 10:52:19
https://bse.pnl.gov/bse/portal
楼主可以到上面的网站查一下基组适用范围，Au很明显不适合用3-21g算，推荐适用赝势场基组
cpu数，内存，使用的硬盘大小等等高斯一般有默认的设置，但最好还是自己设置好
赞一下(2人) 回复此楼
轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
6楼2011-06-13 10:43:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-06-13 10:32:55:
楼主输入文件可能存在下面几个问题：一个是没有指定计算所使用的核数和内存，一般在开始用%nproc=3换行%mem=2GB来表示。
另外楼主计算的原子可能不适合用3-21这么小的基组，应该用赝势场基组才对。我写了一个 ...

你好，非常感谢，现在任务能提交了。不过用ps aux | grep gaussian09查看任务进程显示：root     30830  0.0  0.0   3028   748 pts/7    S+   15:12   0:00 grep gaussian09而且30830不断增加，我不知道是什么意思，应该怎样查看任务的运行状况？还有输出文件out里面好像什么都没有...
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-13 14:49:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
Bad file descriptor  你可以查查这句什么意思....
赞一下 回复此楼
Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
8楼2011-06-13 16:30:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kaegi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-06-13 14:49:41:
你好，非常感谢，现在任务能提交了。不过用ps aux | grep gaussian09查看任务进程显示：root     30830  0.0  0.0   3028   748 pts/7    S+   15:12   0:00 grep gaussian09而且30830不断增加，我不知道是什么 ...

我一般只查看计算产生的log文件。一般优化的话用grep NO XX.log查看四个优化收敛的标准是否都达到了，如果数值整体趋势是缩小，四个标准逐渐达到，说明优化可能是没问题的。期待其他计算机高手继续解答。
赞一下 回复此楼
9楼2011-06-13 18:53:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 herarysara 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 8/400 2026-09-01 12:58 by ssyjh
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭