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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 用NAMD做分子模拟的可行性
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fearless_

木虫 (正式写手)

[交流] 用NAMD做分子模拟的可行性

想研究突变对酶活的影响，但是该突变位点不在酶活性位点附近，现考虑NAMD拉伸动力学的方法拉扯底物经过该突变位点，分析该突变位点对拉扯过程的影响，从而间接说明底物进入该活性中心位点的难易，求问各位模拟大虾该思路可行否？
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1楼 2012-10-28 22:27:53
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-29 08:38:35
SMD TMD？ 听过理论，没操作过。
是否有实验数据证明突变确实影响了活性？不然别人不知道为什么要做这个。
可首先跑个传统MD，看一下突变对活性区域结构的影响，算个结合能，然后再试试SMD。
以上均为个人观点。
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fearless_
2楼2012-10-28 23:49:36
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fearless_

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by houxuben at 2012-10-28 23:49:36
SMD TMD？ 听过理论，没操作过。
是否有实验数据证明突变确实影响了活性？不然别人不知道为什么要做这个。
可首先跑个传统MD，看一下突变对活性区域结构的影响，算个结合能，然后再试试SMD。
以上均为个人观点。

SMD. 已经有实验数据证实该突变对活性影响很大，但是确实离活性区域比较远，但是观察蛋白三维结构发现该位点离底物通道很近，所以才有通过SMD拉扯底物经过底物通道的想法。至于那些确实不搭边的残疾，跑传统动力学看突变对活性区域结构的影响可行度怎样？是否有文献报道？谢谢！本人不是做这块的，帮别人想方案。
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3楼2012-10-29 10:06:06
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fearless_: 金币+5, tks，先试试看吧 2012-10-29 12:57:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by fearless_ at 2012-10-29 10:06:06
SMD. 已经有实验数据证实该突变对活性影响很大，但是确实离活性区域比较远，但是观察蛋白三维结构发现该位点离底物通道很近，所以才有通过SMD拉扯底物经过底物通道的想法。至于那些确实不搭边的残疾，跑传统动力学 ...

依照我的理解，你这个体系是因为突变影响了底物的释放？这个可以用SMD模拟，传统MD因为相对简单，可以考虑也试一下，多种手段去验证。可参考J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 589−603
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4楼2012-10-29 12:42:17
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