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[求助]
本科新手，NAMD 做分子模拟，学习受阻，求教~~
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我是学应用化学加计算机科学与技术的，就是双学位，但是化学学得不咋滴。明年做毕业设计，用NAMD , VMD 做一些分子模拟（具体做什么老师还没说，叫我先把软件跑起来）。 开始花了一个星期大概把中文教程看了一遍，试了试教程上的例子，但是也就会这么点。主要没有啥量子化学基础，这基本上就是一头雾水。 知识按照教程上操作操作，但是为什么一概不知，还有好多化学术语也是一点都没学过。期末考试期间，放下了一段时间，又忘了差不多了。 我的问题是：用这个软件模拟分子，需要化学基础？需要学习哪些化学知识？？？因为我觉得光是一个软件，你不知道干什么，一些基本原理，这学不起来啊。。。迫切求教，谢谢 |
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 科研-微生物 |
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zh1987hs(金币+1): 谢谢 2012-03-14 10:33:50
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【答案】应助回帖
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我和lz差不多。我本科学力学的，现在毕设学vmd和namd为研究生阶段做md打基础。分子动力学不考虑量子效应吧。分子结构和物理化学作用都在相应的拓扑文件和参数文件里定义好了。基本的分子动力学理论我看的是The Art of Molecular DynamicsSimulation。如果lz看的教程和我看的一样的话，我觉得也大概能看出来这种模拟的一些应用吧。 另外特别建议lz学习分子动力学几种标准格式的文件,psf ,pdb,top等，还有namd的参数文件conf,和几种输出文件。在namd的tutorial附录里有。我看了这个以后再照着例子做的时候观察这些文件的变化，总算稍微有点懂这套软件是在做什么了。 |
4楼2012-03-20 14:47:30
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