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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 给你一个序列，从生物信息学角度描述你的分析思路
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avhg

木虫 (著名写手)

[交流] 给你一个序列，从生物信息学角度描述你的分析思路

我想这是一个较为全关的问题，期待各位大牛描述下自己的分析流程思路，大家交流讨论~
给你一个蛋白质序列，从生物信息学角度，你的分析思路如何呢？从哪些方面作关于这一个序列的分析呢？
给你一个基因序列呢？

[ 来自科研家族 哲学人生 ]
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1楼 2012-10-23 13:18:07
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
avhg: 金币+5, 可否纵向描述一下呢？感谢不吝赐教。。。。 2012-10-23 22:58:26
本帖仅楼主可见
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5楼2012-10-23 21:37:58
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★ ★ ★ ★
avhg: 金币+5, 版主，你给点力啊，就打这几个字。。 2012-10-23 21:28:46
功能。。。。
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2楼2012-10-23 13:51:11
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aloon111

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
avhg: 金币+5, 欢迎进一步细化思路 2012-10-23 21:28:08
功能，同源性，预测结构
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3楼2012-10-23 14:10:58
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avhg

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aloon111 at 2012-10-23 14:10:58
功能，同源性，预测结构

其实我也知道是这几个方面，就是实施起来可能就不知道具体流程了。。。
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4楼2012-10-23 21:27:41
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永远不知道

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看天: 金币+5, 鼓励交流 常来 2012-10-24 19:34:43
avhg: 金币+3, 受教。 2012-10-25 21:09:10
首先，要确定序列是谁的，其次，要预测该蛋白序列的理化性质，氨基酸含量，再次，要知道蛋白的结构预测，第四，要分析同源性，构建进化树，第五，综合前面要预测该蛋白的功能或者与功能相适应的分析，基本这些，谢谢
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6楼2012-10-24 00:21:05
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看天: 金币+4, 鼓励回答 2012-10-24 19:34:56
avhg: 金币+4, 受教。 2012-10-25 21:08:52
这个范围太广了，看你的目的如何。
说点不常见的，给个蛋白序列，可以从序列本身来预测该蛋白在质谱上的表现，选择哪个多肽来定量。
最常见的就是BLAST，进一步可以分析保守序列，研究进化历史，预测二级三级结构，会不会与别的分子（比如说糖，金属离子）结合，能不能做药物靶点，代谢作用等
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7楼2012-10-24 03:35:46
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你为什么给我一个序列？
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8楼2012-10-24 05:33:47
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lizs8023

银虫 (正式写手)
围观一下
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9楼2012-10-24 08:30:45
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章信来

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看天: 金币+4, 好强大 2012-10-24 19:36:02
avhg: 金币+4, 受教。 2012-10-25 21:09:56
的确有点泛！
我想一般首先鉴定下到底是啥，先肯定blast下，基因的话就找出mRNA和氨基酸序列（这里也有很多可能，比如是基因组没有mRNA的话，需要先预测，该基因是否有可变剪切（AS），是不是含有多态位点（SNP），基因结构分析啥的），氨基酸序列基本就是那几个分析，一级、二级、三级和四级分析，外加蛋白修饰，GO、pathway和进化树分析啥的，一通鉴定之后基本上功能也就分析个八九不离十了，之后验证的事就交给实验了。估计一般情况不会用到全套的分析！
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11楼2012-10-24 11:17:07
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莎莎加油

木虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
首先进行比对看看序列属于什么物种 具体的定位。接下来做功能注释，保守结构，找在其他物种中有没有同源序列 ，再看有没有三级结构。可以找到对应的编码基因。对基因做功能注释等等。就只了解这些了。
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12楼2012-11-11 11:06:48
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可可乐乐

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
路过，感兴趣，看看！顶
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13楼2012-11-24 21:25:51
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郑克宁10楼
2012-10-24 09:16   回复  
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