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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 生物信息学关于序列比对使用的矩阵问题
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yujitianqing

铁虫 (正式写手)

[求助] 生物信息学关于序列比对使用的矩阵问题

请教序列比对使用的PAM、BLOSUM矩阵的定义、作用；BLAST使用的是哪一矩阵及原因。谢谢……
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生物信息学

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1楼 2013-01-05 12:26:04
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_锦瑟薇薇

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+3, 谢谢参与,尤其是用手机打字 2013-01-06 05:49:48
P和B都是根据实际替换率的观察导出残基对之间相似性计分矩阵。P是指可接受点突变，是根据一种氨基酸被另一种氨基酸替代的频率提出的。最常用的是PAM250.不同进化距离采用不同的PAM矩阵。B是统计蛋白质序列中保守片段BLOCK的氨基酸对数量的打分矩阵。常见为BLOSUM62.用于产生矩阵的蛋白质家族以及多肽链数目，B比P大约多20倍。

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2楼2013-01-05 14:53:21
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_锦瑟薇薇

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
看天: 金币+2, 鼓励一下 2013-01-06 17:14:03
BLAST是基本局部比对搜索工具。查询序列与数据库序列间非常短的片段对，然后向两端无空隙的扩展种子，直到达到最大可能计分。查询蛋白质序列数据库可以使用BLOSUM62矩阵打分。计算速度提高很快。
纯码字，累屎了::>_<::
希望能帮到你O(∩_∩)O

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yujitianqing
3楼2013-01-05 14:57:30
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yujitianqing

铁虫 (正式写手)
多谢多谢！学习了…

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4楼2013-01-05 21:10:25
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yujitianqing: 金币+10, ★有帮助 2013-01-06 11:26:42
BLOSUM http://en.wikipedia.org/wiki/BLOSUM
PAM http://en.wikipedia.org/wiki/Point_accepted_mutation
BLAST  http://en.wikipedia.org/wiki/BLAST
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5楼2013-01-06 05:49:14
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sdlghufan

银虫 (小有名气)
lin jiao le
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6楼2013-01-06 08:16:21
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yujitianqing

铁虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by _锦瑟薇薇 at 2013-01-05 14:57:30
BLAST是基本局部比对搜索工具。查询序列与数据库序列间非常短的片段对，然后向两端无空隙的扩展种子，直到达到最大可能计分。查询蛋白质序列数据库可以使用BLOSUM62矩阵打分。计算速度提高很快。
纯码字，累屎了:: ...

7楼2013-01-06 11:28:05
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