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yujitianqing铁虫 (正式写手)
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[求助]
生物信息学关于序列比对使用的矩阵问题
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| 请教序列比对使用的PAM、BLOSUM矩阵的定义、作用；BLAST使用的是哪一矩阵及原因。谢谢…… |
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 生物信息学 |
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2楼2013-01-05 14:53:21
【答案】应助回帖
★ ★
看天: 金币+2, 鼓励一下 2013-01-06 17:14:03
看天: 金币+2, 鼓励一下 2013-01-06 17:14:03
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BLAST是基本局部比对搜索工具。查询序列与数据库序列间非常短的片段对，然后向两端无空隙的扩展种子，直到达到最大可能计分。查询蛋白质序列数据库可以使用BLOSUM62矩阵打分。计算速度提高很快。 纯码字，累屎了::>_<:: 希望能帮到你O(∩_∩)O [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2013-01-05 14:57:30
yujitianqing
铁虫 (正式写手)
- 应助: 19 (小学生)
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- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2013-01-05 21:10:25
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
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- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yujitianqing: 金币+10, ★有帮助 2013-01-06 11:26:42
感谢参与，应助指数 +1
yujitianqing: 金币+10, ★有帮助 2013-01-06 11:26:42
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BLOSUM http://en.wikipedia.org/wiki/BLOSUM PAM http://en.wikipedia.org/wiki/Point_accepted_mutation BLAST http://en.wikipedia.org/wiki/BLAST |
5楼2013-01-06 05:49:14
6楼2013-01-06 08:16:21
yujitianqing
铁虫 (正式写手)
送鲜花一朵
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7楼2013-01-06 11:28:05