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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎么在细菌中找产酶相关的基因
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yonny1018

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎么在细菌中找产酶相关的基因

导师让找出假单胞菌中和产酶相关的基因
这是什么意思 没学过分子完全不懂啊
有人知道该怎么做吗？
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1楼 2012-10-23 10:21:45
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hj890509

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在NCBI中可以找到相关的基因
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2楼2012-10-23 11:34:40
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yonny1018

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hj890509 at 2012-10-23 11:34:40
在NCBI中可以找到相关的基因

他的意思是在细菌中找到 那么按照你说的 是否在NCBI中找到相关序列 然后设计引物 再用引物去PCR细菌的DNA呢？
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3楼2012-10-23 11:44:42
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ilyzp

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-23 15:45:05
yonny1018: 金币+7, ★有帮助 2012-10-23 16:29:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by yonny1018 at 2012-10-23 11:44:42
他的意思是在细菌中找到 那么按照你说的 是否在NCBI中找到相关序列 然后设计引物 再用引物去PCR细菌的DNA呢？...

我觉得可以这样试试，看你们老师的意思了，如果他只是要基因序列或者名字，你就直接从NCBI找出来给他就行，可以自己设计引物来验证有没有这个基因，如果P出之后其实可以去测个序看一下
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4楼2012-10-23 15:26:53
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yonny1018

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ilyzp at 2012-10-23 15:26:53
我觉得可以这样试试，看你们老师的意思了，如果他只是要基因序列或者名字，你就直接从NCBI找出来给他就行，可以自己设计引物来验证有没有这个基因，如果P出之后其实可以去测个序看一下...

这也适用于在目标菌中寻找已知功能的基因吗？比如说在假单胞菌中找到和产脂肪酶相关的基因
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5楼2012-10-23 16:29:59
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ilyzp

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yonny1018 at 2012-10-23 16:29:59
这也适用于在目标菌中寻找已知功能的基因吗？比如说在假单胞菌中找到和产脂肪酶相关的基因...

可以的，至少可以在NCBI上先找到和产脂肪酶相关的基因，然后看这些基因有没有是假单孢杆菌的，如果没有，多找几个同源基因，然后用DNAMAN看一下，在保守序列设计引物在假单孢杆菌里P一下，PCR出来之后测序就能得到假单孢杆菌中的相关基因
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6楼2012-10-25 11:23:37
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sumoeric

金虫 (小有名气)
帮助楼主一下，都是从那个时候过来的。

你的老师让你找产酶的基因，你最好现弄明白你的老师要求的是什么类型的酶，是跟次级代谢相关的，还是其他类型的酶。然后就像上面说的可以到ncbi上去找，看看各种各样的酶是否在假单胞菌中存在。
另外，不知道你的菌是什么菌，我估计有一些假单胞菌都被测序了吧，你可以阅读一些基因组的文章，有的文章内部会对它内部的酶系进行分析的，你可以直接套用，基本上差别不会很大。仅仅结构不同而已，基本的酶都应该差别不是很巨大。
还是感觉楼主应该跟老师交流一下具体要找的什么类型的酶，再下手
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7楼2012-10-25 16:27:30
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