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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 不同PH值，gromacs 模拟
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abigrabbit

金虫 (初入文坛)

[求助] 不同PH值，gromacs 模拟

文献报道，常见模拟蛋白在不同的PH下面，但是模拟PH要考虑残基质子化，带电性问题；有没有类似网站能提供，在不同PH值下面，质子化的残基，及其带电性？？？
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1楼 2012-10-20 10:35:13
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-10-20 12:21:46
H++ Server or PROPKA, you can search for these server using google
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2楼2012-10-20 11:41:32
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小许高年级

新虫 (初入文坛)
您好，老师。请问您现在解决了gromacs中pH的设置问题吗？我现在想探索pH值为7.5和6.5状态下蛋白的构象影响，但是遇到pH，不知道那一步来设置。若您知晓，麻烦告知。谢谢！
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MD小白
3楼2021-06-08 19:38:52
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