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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助--扩增病毒全长的引物设计
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草木因子

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助--扩增病毒全长的引物设计

向各位高手求助！
本人需要扩增某些病毒的全长，已从NCBI库中下载了相关的全长序列，向前辈求教，怎样设计引物扩增该病毒的全长。谢谢！
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宁愿和动植物打交道...
1楼 2012-10-11 20:41:31
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bloodwar

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-06 17:18:10
最好从3‘端开始，完全匹配的设计引物，现在的试剂一次扩2-3kb完全没问题，测序验证时中间多用几个引物就行了，我一般扩一次4-5kb，两端的最好小点，1kb左右就行了，其实你如果有了全序列，为了省钱不做RACE也行，直接P就行了
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3楼2012-11-06 03:28:21
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wmq682

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流问题 2012-10-12 15:44:52
每个片段1400-1500bp（这个范围你双向测序刚好可以测通）, 重叠部分在100-200bp之间，根据已知的序列设计引物扩增得到各个片段，拼接起来就行了。至于5'和3‘末端，要做race的， 3’如果是polyA就不需要做RACE了。
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2楼2012-10-12 11:44:02
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wmq682

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 股交流 2012-11-19 14:01:27
小丹木木: 操作失误，鼓励交流 2012-11-19 14:01:42
RACE有些是必须要做的，我看了很多的文献，包括发到Archive of virology上的作为序列注释的文章，有个别作者发表的序列是必须要做RACE的，但是他们未作，而是直接把别人的5‘端的几十个序列弄到自己的序列上就拿去发表了，这是非常不严谨的，在学术上体现出来的浮躁心态！
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4楼2012-11-19 12:22:56
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草木因子

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wmq682 at 2012-11-19 12:22:56
RACE有些是必须要做的，我看了很多的文献，包括发到Archive of virology上的作为序列注释的文章，有个别作者发表的序列是必须要做RACE的，但是他们未作，而是直接把别人的5‘端的几十个序列弄到自己的序列上就拿去发 ...

谢谢您的答复！也很感谢您对我们科研的认真负责的态度！谢谢您！
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宁愿和动植物打交道...
5楼2012-11-19 13:01:58
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