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li_shuangyan银虫 (小有名气)
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[求助]
50金币 寻找过渡态求助，请高手们指点
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这个机理很简单，就是把圆环上的N原子及它附带的硝基，往八元环平面的上方或者下方走就行了。 有四个构型，分别是船型alpha，椅型beta，船船型BB，船椅型BC。现在寻找这四个构型相互之间的过渡态，用qst2算出虚频太小。现在打算用opt(modredundant),但实在是不知道应该扫描哪一个二面角，该固定哪个原子。 貌似opt（modredundant）时，还要看分子输入部分哪些原子随着哪些来变，有可能还要改一些原子顺序。真被他们搞的头大了。 构型在所附截图和gjf文件中，请高手们帮忙看看如何调整，小女子万分感激！  alpha.jpg  BB.jpg  BC.jpg  BETA.jpg [ Last edited by li_shuangyan on 2012-10-9 at 11:04 ] |
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2012-10-09 10:57:29, 3.72 K
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 催化与分子模拟 |
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发生位移的部分，你调整一下，做成QST3。你的反应物与产物，基本上变化的都有一个面的对称，你就猜结构变化的部分在镜面上是过渡态 |
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li_shuangyan8楼2012-10-11 12:55:32
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alpha_BB与alpha_BC过渡态都做IRC确认了？反应物或产物是不是对应的alpha_BB、alpha_BC？过渡态一样，IRC得出的如果也一样的话，很可能找错了，有的时候过渡态找出来不一定对，所以我们要做IRC。至于是不是有两个过渡态，你能找出中间体就可以证明了。 |
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9楼2012-10-11 14:27:25
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