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li_shuangyan

银虫 (小有名气)

[求助] 50金币 寻找过渡态求助,请高手们指点

这个机理很简单,就是把圆环上的N原子及它附带的硝基,往八元环平面的上方或者下方走就行了。
有四个构型,分别是船型alpha,椅型beta,船船型BB,船椅型BC。现在寻找这四个构型相互之间的过渡态,用qst2算出虚频太小。现在打算用opt(modredundant),但实在是不知道应该扫描哪一个二面角,该固定哪个原子。
貌似opt(modredundant)时,还要看分子输入部分哪些原子随着哪些来变,有可能还要改一些原子顺序。真被他们搞的头大了。
构型在所附截图和gjf文件中,请高手们帮忙看看如何调整,小女子万分感激!


alpha.jpg



BB.jpg



BC.jpg



BETA.jpg

[ Last edited by li_shuangyan on 2012-10-9 at 11:04 ]
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-10 12:49:17
那你把优化好的结构上再加一幅图,最好就是移动部分在平面上的放上去,做个qst3...

不大明白。是不是在原来qst2基础上,再加一个猜测的构型来做qst3呀?您说的,“移动部分在平面上的放上去”不太懂?同时,“移动部分在平面上的放上去”的是不是拿来当初始的猜测呀?
6楼2012-10-11 12:41:46
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
li_shuangyan: 金币+2 2012-10-10 12:43:10
楼上虚频多大啊,看一下你的结构虚频应该不大
2楼2012-10-09 19:05:52
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-09 19:05:52
楼上虚频多大啊,看一下你的结构虚频应该不大

虚频有负30 40的,也有50 60的。另外,还有beta构型和其他三个找过渡态时,QST2不能算,提示说要有3个结构来当输入。
3楼2012-10-10 12:46:34
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by li_shuangyan at 2012-10-10 12:46:34
虚频有负30 40的,也有50 60的。另外,还有beta构型和其他三个找过渡态时,QST2不能算,提示说要有3个结构来当输入。...

那你把优化好的结构上再加一幅图,最好就是移动部分在平面上的放上去,做个qst3
4楼2012-10-10 12:49:17
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