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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 50金币 寻找过渡态求助，请高手们指点
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)

[求助] 50金币 寻找过渡态求助，请高手们指点

这个机理很简单，就是把圆环上的N原子及它附带的硝基，往八元环平面的上方或者下方走就行了。
有四个构型，分别是船型alpha，椅型beta，船船型BB，船椅型BC。现在寻找这四个构型相互之间的过渡态，用qst2算出虚频太小。现在打算用opt(modredundant),但实在是不知道应该扫描哪一个二面角，该固定哪个原子。
貌似opt（modredundant）时，还要看分子输入部分哪些原子随着哪些来变，有可能还要改一些原子顺序。真被他们搞的头大了。
构型在所附截图和gjf文件中，请高手们帮忙看看如何调整，小女子万分感激！


alpha.jpg



BB.jpg



BC.jpg



BETA.jpg

[ Last edited by li_shuangyan on 2012-10-9 at 11:04 ]
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1楼 2012-10-09 11:01:33
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
li_shuangyan: 金币+2 2012-10-10 12:43:10
楼上虚频多大啊，看一下你的结构虚频应该不大
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2楼2012-10-09 19:05:52
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-09 19:05:52
楼上虚频多大啊，看一下你的结构虚频应该不大

虚频有负30 40的，也有50 60的。另外，还有beta构型和其他三个找过渡态时，QST2不能算，提示说要有3个结构来当输入。
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3楼2012-10-10 12:46:34
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by li_shuangyan at 2012-10-10 12:46:34
虚频有负30 40的，也有50 60的。另外，还有beta构型和其他三个找过渡态时，QST2不能算，提示说要有3个结构来当输入。...

那你把优化好的结构上再加一幅图，最好就是移动部分在平面上的放上去，做个qst3
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4楼2012-10-10 12:49:17
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sesy

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
li_shuangyan: 金币+2 2012-10-11 12:42:50
虚频有负30 40的，也有50 60的。虚频太小，跑IRC看看对不对，还有如果用qst3找的话，可能会好点，但是要求反应物产物过渡态原子序号对应，这个可以在Gview里调:Edit---Atom List---最左边是你原来的结构序号，中间是你要改的。
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Fighting！！！
5楼2012-10-11 09:55:39
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-10 12:49:17
那你把优化好的结构上再加一幅图，最好就是移动部分在平面上的放上去，做个qst3...

不大明白。是不是在原来qst2基础上，再加一个猜测的构型来做qst3呀？您说的，“移动部分在平面上的放上去”不太懂？同时，“移动部分在平面上的放上去”的是不是拿来当初始的猜测呀？
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6楼2012-10-11 12:41:46
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by sesy at 2012-10-11 09:55:39
虚频有负30 40的，也有50 60的。虚频太小，跑IRC看看对不对，还有如果用qst3找的话，可能会好点，但是要求反应物产物过渡态原子序号对应，这个可以在Gview里调:Edit---Atom List---最左边是你原来的结构序号，中间是 ...

QST2时，alpha_BB与alpha_BC过渡态居然一样，IRC确认为alpha_BC的。这是不是说，alpha_BB两个构型差别太大，先从alpha经过alpha_BC的过渡态到BC,又经过一个过渡态才到了BB呀？难道有两个过渡态？或者有个什么中间体之类的？
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7楼2012-10-11 12:47:55
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by li_shuangyan at 2012-10-11 12:41:46
不大明白。是不是在原来qst2基础上，再加一个猜测的构型来做qst3呀？您说的，“移动部分在平面上的放上去”不太懂？同时，“移动部分在平面上的放上去”的是不是拿来当初始的猜测呀？...

发生位移的部分，你调整一下，做成QST3。你的反应物与产物，基本上变化的都有一个面的对称，你就猜结构变化的部分在镜面上是过渡态
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li_shuangyan
8楼2012-10-11 12:55:32
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sesy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by li_shuangyan at 2012-10-11 12:47:55
QST2时，alpha_BB与alpha_BC过渡态居然一样，IRC确认为alpha_BC的。这是不是说，alpha_BB两个构型差别太大，先从alpha经过alpha_BC的过渡态到BC,又经过一个过渡态才到了BB呀？难道有两个过渡态？或者有个什么中间体 ...

alpha_BB与alpha_BC过渡态都做IRC确认了？反应物或产物是不是对应的alpha_BB、alpha_BC？过渡态一样，IRC得出的如果也一样的话，很可能找错了，有的时候过渡态找出来不一定对，所以我们要做IRC。至于是不是有两个过渡态，你能找出中间体就可以证明了。
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li_shuangyan
Fighting！！！
9楼2012-10-11 14:27:25
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-11 12:55:32
发生位移的部分，你调整一下，做成QST3。你的反应物与产物，基本上变化的都有一个面的对称，你就猜结构变化的部分在镜面上是过渡态...

如来如此呀,高手.试一下,有了消息再给大家一个答复啊
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10楼2012-10-11 20:55:31
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