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li_shuangyan

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[求助] 50金币寻找过渡态求助，请高手们指点

这个机理很简单，就是把圆环上的N原子及它附带的硝基，往八元环平面的上方或者下方走就行了。
有四个构型，分别是船型alpha，椅型beta，船船型BB，船椅型BC。现在寻找这四个构型相互之间的过渡态，用qst2算出虚频太小。现在打算用opt(modredundant),但实在是不知道应该扫描哪一个二面角，该固定哪个原子。
貌似opt（modredundant）时，还要看分子输入部分哪些原子随着哪些来变，有可能还要改一些原子顺序。真被他们搞的头大了。
构型在所附截图和gjf文件中，请高手们帮忙看看如何调整，小女子万分感激！

alpha.jpg

BB.jpg

BC.jpg

BETA.jpg

[ Last edited by li_shuangyan on 2012-10-9 at 11:04 ]

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2012-10-09 10:57:29, 3.72 K

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1楼 2012-10-09 11:01:33

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li_shuangyan

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引用回帖:

5楼: Originally posted by sesy at 2012-10-11 09:55:39
虚频有负30 40的，也有50 60的。虚频太小，跑IRC看看对不对，还有如果用qst3找的话，可能会好点，但是要求反应物产物过渡态原子序号对应，这个可以在Gview里调:Edit---Atom List---最左边是你原来的结构序号，中间是 ...

QST2时，alpha_BB与alpha_BC过渡态居然一样，IRC确认为alpha_BC的。这是不是说，alpha_BB两个构型差别太大，先从alpha经过alpha_BC的过渡态到BC,又经过一个过渡态才到了BB呀？难道有两个过渡态？或者有个什么中间体之类的？