24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1186  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

li_shuangyan

银虫 (小有名气)

[求助] 50金币 寻找过渡态求助,请高手们指点

这个机理很简单,就是把圆环上的N原子及它附带的硝基,往八元环平面的上方或者下方走就行了。
有四个构型,分别是船型alpha,椅型beta,船船型BB,船椅型BC。现在寻找这四个构型相互之间的过渡态,用qst2算出虚频太小。现在打算用opt(modredundant),但实在是不知道应该扫描哪一个二面角,该固定哪个原子。
貌似opt(modredundant)时,还要看分子输入部分哪些原子随着哪些来变,有可能还要改一些原子顺序。真被他们搞的头大了。
构型在所附截图和gjf文件中,请高手们帮忙看看如何调整,小女子万分感激!


alpha.jpg



BB.jpg



BC.jpg



BETA.jpg

[ Last edited by li_shuangyan on 2012-10-9 at 11:04 ]
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 4个gjf.rar
  • 2012-10-09 10:57:29, 3.72 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

催化与分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_shuangyan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sesy at 2012-10-11 09:55:39
虚频有负30 40的,也有50 60的。虚频太小,跑IRC看看对不对,还有如果用qst3找的话,可能会好点,但是要求反应物产物过渡态原子序号对应,这个可以在Gview里调:Edit---Atom List---最左边是你原来的结构序号,中间是 ...

QST2时,alpha_BB与alpha_BC过渡态居然一样,IRC确认为alpha_BC的。这是不是说,alpha_BB两个构型差别太大,先从alpha经过alpha_BC的过渡态到BC,又经过一个过渡态才到了BB呀?难道有两个过渡态?或者有个什么中间体之类的?
7楼2012-10-11 12:47:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
li_shuangyan: 金币+2 2012-10-10 12:43:10
楼上虚频多大啊,看一下你的结构虚频应该不大
2楼2012-10-09 19:05:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_shuangyan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-09 19:05:52
楼上虚频多大啊,看一下你的结构虚频应该不大

虚频有负30 40的,也有50 60的。另外,还有beta构型和其他三个找过渡态时,QST2不能算,提示说要有3个结构来当输入。
3楼2012-10-10 12:46:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by li_shuangyan at 2012-10-10 12:46:34
虚频有负30 40的,也有50 60的。另外,还有beta构型和其他三个找过渡态时,QST2不能算,提示说要有3个结构来当输入。...

那你把优化好的结构上再加一幅图,最好就是移动部分在平面上的放上去,做个qst3
4楼2012-10-10 12:49:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +8 lin0039 2026-03-26 8/400 2026-03-28 08:00 by Iveryant
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-27 7/350 2026-03-28 07:43 by 热情沙漠
[考研] 一志愿上海理工能源动力(085800)310分求调剂 +3 zhangmingc 2026-03-27 4/200 2026-03-27 19:01 by 给你你注意休息
[考研] 考研调剂 +4 Sanmu-124 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:49 by kiokin
[考研] 269专硕求调剂 +10 金恩贝 2026-03-21 10/500 2026-03-27 15:10 by caszguilin
[考研] 322求调剂 +4 我真的很想学习 2026-03-23 4/200 2026-03-27 13:51 by 杨杨杨紫
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 求调剂323材料与化工 +7 1124361 2026-03-24 7/350 2026-03-27 10:22 by wangjy2002
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 327求调剂 +7 prayer13 2026-03-23 7/350 2026-03-26 20:48 by 不吃魚的貓
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 材料科学与工程 317求调剂 +4 JKSOIID 2026-03-26 4/200 2026-03-26 15:58 by 不吃魚的貓
[考研] 297求调剂 +6 田洪有 2026-03-26 6/300 2026-03-26 15:55 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 调剂310 +3 温柔的晚安 2026-03-25 4/200 2026-03-25 23:16 by peike
[考研] 求b区院校调剂 +4 周56 2026-03-24 5/250 2026-03-25 17:12 by yishunmin
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
[考研] 315分,诚求调剂,材料与化工085600 +3 13756423260 2026-03-22 3/150 2026-03-22 20:11 by edmund7
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +5 vv迷 2026-03-21 8/400 2026-03-22 14:20 by ColorlessPI
信息提示
请填处理意见