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li_shuangyan

银虫 (小有名气)

[求助] 50金币 寻找过渡态求助,请高手们指点

这个机理很简单,就是把圆环上的N原子及它附带的硝基,往八元环平面的上方或者下方走就行了。
有四个构型,分别是船型alpha,椅型beta,船船型BB,船椅型BC。现在寻找这四个构型相互之间的过渡态,用qst2算出虚频太小。现在打算用opt(modredundant),但实在是不知道应该扫描哪一个二面角,该固定哪个原子。
貌似opt(modredundant)时,还要看分子输入部分哪些原子随着哪些来变,有可能还要改一些原子顺序。真被他们搞的头大了。
构型在所附截图和gjf文件中,请高手们帮忙看看如何调整,小女子万分感激!


alpha.jpg



BB.jpg



BC.jpg



BETA.jpg

[ Last edited by li_shuangyan on 2012-10-9 at 11:04 ]
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by sesy at 2012-10-11 09:55:39
虚频有负30 40的,也有50 60的。虚频太小,跑IRC看看对不对,还有如果用qst3找的话,可能会好点,但是要求反应物产物过渡态原子序号对应,这个可以在Gview里调:Edit---Atom List---最左边是你原来的结构序号,中间是 ...

QST2时,alpha_BB与alpha_BC过渡态居然一样,IRC确认为alpha_BC的。这是不是说,alpha_BB两个构型差别太大,先从alpha经过alpha_BC的过渡态到BC,又经过一个过渡态才到了BB呀?难道有两个过渡态?或者有个什么中间体之类的?
7楼2012-10-11 12:47:55
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查看全部 12 个回答

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
li_shuangyan: 金币+2 2012-10-10 12:43:10
楼上虚频多大啊,看一下你的结构虚频应该不大
2楼2012-10-09 19:05:52
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li_shuangyan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-09 19:05:52
楼上虚频多大啊,看一下你的结构虚频应该不大

虚频有负30 40的,也有50 60的。另外,还有beta构型和其他三个找过渡态时,QST2不能算,提示说要有3个结构来当输入。
3楼2012-10-10 12:46:34
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by li_shuangyan at 2012-10-10 12:46:34
虚频有负30 40的,也有50 60的。另外,还有beta构型和其他三个找过渡态时,QST2不能算,提示说要有3个结构来当输入。...

那你把优化好的结构上再加一幅图,最好就是移动部分在平面上的放上去,做个qst3
4楼2012-10-10 12:49:17
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