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laohu314422

铜虫 (小有名气)

[求助] VASP怎样计算水分子键长 键角

首先简单说一下，我知道怎样计算直线型分子的键长，比如H2，先构建超晶胞，然后就是固定其中一个原子在坐标原点，改变另一个的位置就行，因为是直线型，所以容易做，但现在是H2O,有键角，不容易做。我的初步想法是固定O在原点，两个H对称的，但是又牵扯到角度和距离都在变化，就不知道POSCAR里面该怎样做了，不知道各位做过没，看似简单的东西，要想搞出来还真不容易，我的导师让我做一下，我想了很长时间，不知道该怎样在POSCAR里摆，希望各位不吝赐教啊。灌水勿扰啊,真诚感谢，如果我有什么地方说的不清楚，欢迎指教啊，我们可以认真谈论一下！！！谢谢各位啊！！！！！！！
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1楼 2012-09-29 01:31:53
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huangll99

木虫 (职业作家)
建个超胞，百度google一个大概值，建好模型，结构优化，计算键长键角。。。。
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2楼2012-09-29 09:40:28
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教！ 2012-09-29 18:13:48
如果只是想验证下，先找个水分子的结构，然后优化。
接下来改变下角度啊，距离，再优化，看能不能对上理论值
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timeflies..
3楼2012-09-29 11:08:36
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖！ 2012-09-29 18:21:52
建一个大盒子，O放中间，H放两边，比O略低/高均可，O-H键长大约0.98A，键角有一百零几度吧，算一下投影到与O同高时，垂足到O的距离，换算一下就出来了....
譬如：
0.5   0.5  0.5   --->O
0.5-x  0.5  0.5-z   --->H
0.5+x  0.5  0.5-z  --->H

根据你盒子大小，确定一下x，z就可以了。盒子边长应不低于10A....
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4楼2012-09-29 11:48:49
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fanarsenal

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-30 18:36:15
H2O的问题是非常复杂的，北大的Wang Enge有很多这方面的文章，可以去看一下，给个链接你
http://engewang.iphy.ac.cn/index.php?page=enge-wang
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5楼2012-09-29 12:45:29
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-09-29 18:25:41
水的问题确实复杂
不过处理一个单分子的话vasp我猜还是应付的来的
或是试试gauss来算？它这方面应该可以做得更准确些
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6楼2012-09-29 14:51:00
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fanarsenal

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 魔鬼中的天使 at 2012-09-29 14:51:00
水的问题确实复杂
不过处理一个单分子的话vasp我猜还是应付的来的
或是试试gauss来算？它这方面应该可以做得更准确些

问题是能确定水分子是周期性排列的吗？最小周期是多少，一个分子的计算要比晶体的计算困难多了…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2012-10-01 09:48:14
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by fanarsenal at 2012-10-01 09:48:14
问题是能确定水分子是周期性排列的吗？最小周期是多少，一个分子的计算要比晶体的计算困难多了…
...

？
单分子当然是留出真空层
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8楼2012-10-01 21:18:09
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707462558

银虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangll99 at 2012-09-29 09:40:28
建个超胞，百度google一个大概值，建好模型，结构优化，计算键长键角。。。。

计算键长键角怎么做的
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无论生活和你开了多大的玩笑我们都得继续生活
9楼2013-01-06 11:06:00
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红尘不到

铜虫 (小有名气)
楼主现在解决了么？请问是怎么弄的？
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10楼2015-05-18 15:56:14
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