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laohu314422

铜虫 (小有名气)

[求助] VASP怎样计算水分子键长 键角

首先简单说一下,我知道怎样计算直线型分子的键长,比如H2,先构建超晶胞,然后就是固定其中一个原子在坐标原点,改变另一个的位置就行,因为是直线型,所以容易做,但现在是H2O,有键角,不容易做。我的初步想法是固定O在原点,两个H对称的,但是又牵扯到角度和距离都在变化,就不知道POSCAR里面该怎样做了,不知道各位做过没,看似简单的东西,要想搞出来还真不容易,我的导师让我做一下,我想了很长时间,不知道该怎样在POSCAR里摆,希望各位不吝赐教啊。灌水勿扰啊,真诚感谢,如果我有什么地方说的不清楚,欢迎指教啊,我们可以认真谈论一下!!!谢谢各位啊!!!!!!!
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huangll99

木虫 (职业作家)

建个超胞,百度google一个大概值,建好模型,结构优化,计算键长键角。。。。
2楼2012-09-29 09:40:28
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢指教! 2012-09-29 18:13:48
如果只是想验证下,先找个水分子的结构,然后优化。
接下来改变下角度啊,距离,再优化,看能不能对上理论值
timeflies..
3楼2012-09-29 11:08:36
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖! 2012-09-29 18:21:52
建一个大盒子,O放中间,H放两边,比O略低/高均可,O-H键长大约0.98A,键角有一百零几度吧,算一下投影到与O同高时,垂足到O的距离,换算一下就出来了....
譬如:
0.5   0.5  0.5   --->O
0.5-x  0.5  0.5-z   --->H
0.5+x  0.5  0.5-z  --->H

根据你盒子大小,确定一下x,z就可以了。盒子边长应不低于10A....
4楼2012-09-29 11:48:49
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fanarsenal

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-30 18:36:15
H2O的问题是非常复杂的,北大的Wang Enge有很多这方面的文章,可以去看一下,给个链接你
http://engewang.iphy.ac.cn/index.php?page=enge-wang
5楼2012-09-29 12:45:29
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教! 2012-09-29 18:25:41
水的问题确实复杂
不过处理一个单分子的话vasp我猜还是应付的来的
或是试试gauss来算?它这方面应该可以做得更准确些
6楼2012-09-29 14:51:00
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fanarsenal

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 魔鬼中的天使 at 2012-09-29 14:51:00
水的问题确实复杂
不过处理一个单分子的话vasp我猜还是应付的来的
或是试试gauss来算?它这方面应该可以做得更准确些

问题是能确定水分子是周期性排列的吗?最小周期是多少,一个分子的计算要比晶体的计算困难多了…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2012-10-01 09:48:14
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by fanarsenal at 2012-10-01 09:48:14
问题是能确定水分子是周期性排列的吗?最小周期是多少,一个分子的计算要比晶体的计算困难多了…
...


单分子当然是留出真空层
8楼2012-10-01 21:18:09
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707462558

银虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huangll99 at 2012-09-29 09:40:28
建个超胞,百度google一个大概值,建好模型,结构优化,计算键长键角。。。。

计算键长键角怎么做的
无论生活和你开了多大的玩笑我们都得继续生活
9楼2013-01-06 11:06:00
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红尘不到

铜虫 (小有名气)

楼主现在解决了么?请问是怎么弄的?
10楼2015-05-18 15:56:14
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