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denis2008金虫 (正式写手)
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[求助]
求助perl程序
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各位编程高手，你们好，我目前刚学perl编程，现要编一个小程序，感觉有点困难，请求各位帮忙。 数据如下： code1 CGTCTCGATc TGCGCCGAGc AACACTGGGc CCCTGGGTCc TACGTTTCAc TGACGTGCAc code2 AAAACAGGGc CCGGGCTTGc TAAATAGTTc TACATCTTCc code 3 GATC ATCG CGTA 输出格式： code3+GGCACATTGATTTGGGAGTc+code1+code2+AGATCTGATGGCGCGAGGG 以及此序列的互补序列，分别输出到两个不同的文件中。 谢谢各位大侠帮忙！ |
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【答案】应助回帖
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#!usr/bin/perl open(IN1,"E:\\code1.txt"  ||die"can't open the file:$!";open(IN2,"E:\\code2.txt" ||die"can't open the file:$!";open(IN3,"E:\\code3.txt" ||die"can't open the file:$!";open(OUT1,">E:\\positive.txt" ||die"can't open the file:$!";open(OUT2,">E:\\negtive.txt" ||die"can't open the file:$!";$file1="GGCACATTGATTTGGGAGTC"; $file2="AGATCTGATGGCGCGAGGG"; @file1=split(//,$file1); @file2=split(//,$file2); foreach(@file1) { if($_ eq "A" { $file3[$m]="T"; $m++; } if($_ eq "T" { $file3[$m]="A"; $m++; } if($_ eq "G" { $file3[$m]="C"; $m++; } if($_ eq "C" { $file3[$m]="G"; $m++; } } foreach(@file3) { $file3=$file3.$_; } foreach(@file2) { if($_ eq "A" { $file4[$n]="T"; $n++; } if($_ eq "T" { $file4[$n]="A"; $n++; } if($_ eq "G" { $file4[$n]="C"; $n++; } if($_ eq "C" { $file4[$n]="G"; $n++; } } foreach(@file4) { $file4=$file4.$_; } while( { chomp($_); $code=$_; $code1=$code1.$_; } while( { chomp($_); $code2=$code2.$_; } while( { chomp($_); $code3=$code3.$_; } print OUT1 "$code3$file1$code1$code2$file2\n"; print "$code3$file1$code1$code2$file2\n"; print OUT2 "$code3$file3$code1$code2$file4\n"; print "$code3$file3$code1$code4$file2\n"; |
5楼2012-10-22 21:46:40