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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

[交流] 现在大家比对序列除了NCBI还有用哪些网站? 已有3人参与

最近看文章,除了NCBI还会去一些别的网站,比如EzBioCloud。但是我最近提交的序列比对结果两个网站却有些差异。NCBI比对的是97.00%而相同的序列在EzBioCloud却是99.43%,而且两者比对出来的菌,种名还是不一样的。
想问问大家,现在NCBI的比对结果还权威吗?或者现在除了NCBI还有哪些比对网站比较权威?

EzBioCloud.jpg



NCBI.jpg
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處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
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dfggc

荣誉版主 (著名写手)

scelab: 能把连接给出来吗? 2012-09-16 13:14:28
RDP
2楼2012-09-16 09:48:59
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dfggc

荣誉版主 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
To be, or not to be, that's a problem.
3楼2012-09-16 14:20:24
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
Eztaxon server 2.1
4楼2012-09-16 14:43:20
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
http://147.47.212.35:8080/  Eztaxon server 2.1
这个网站专门是细菌的16S rDNA的,只是这个网站的打开如果是某些学校的校园网是打不开的

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2012-09-16 14:46:39
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dfggc at 2012-09-16 14:20:24
http://rdp.cme.msu.edu/

嗯,我试试。谢谢
處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
6楼2012-09-17 22:51:44
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 树2979 at 2012-09-16 14:46:39
http://147.47.212.35:8080/  Eztaxon server 2.1
这个网站专门是细菌的16S rDNA的,只是这个网站的打开如果是某些学校的校园网是打不开的

那如何看待这个网站和NCBI的不同结果呢?
處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
7楼2012-09-17 22:52:19
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by WSW_Alone at 2012-09-17 22:52:19
那如何看待这个网站和NCBI的不同结果呢?...

因为有同学做过,厦大那边做环境微生物的课题组有用过这个并且也得到承认,所以个人觉得还是靠谱的
8楼2012-09-18 08:30:31
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wangyanlinx

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 树2979 at 2012-09-16 14:46:39
http://147.47.212.35:8080/  Eztaxon server 2.1
这个网站专门是细菌的16S rDNA的,只是这个网站的打开如果是某些学校的校园网是打不开的

可以告诉Eztaxon server 2.1
具体的一些操作按钮的意思吗 比如比对序列后  出来一些相似的种 上面有一排按钮:view all seq等 还有NJ什么的  我点击后都没有结果  这个到底什么意思啊
9楼2012-10-08 08:46:41
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wangyanlinx at 2012-10-08 08:46:41
可以告诉Eztaxon server 2.1
具体的一些操作按钮的意思吗 比如比对序列后  出来一些相似的种 上面有一排按钮:view all seq等 还有NJ什么的  我点击后都没有结果  这个到底什么意思啊...

你可以去点那个NCBI的标志,是链接到NCBI的对应序列信息的。
處世樹為模,本固任從枝葉動;立身錢作樣,內方還要外邊圓。
10楼2012-10-08 09:00:06
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