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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 现在大家比对序列除了NCBI还有用哪些网站？
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)

[交流] 现在大家比对序列除了NCBI还有用哪些网站？ 已有3人参与

最近看文章，除了NCBI还会去一些别的网站，比如EzBioCloud。但是我最近提交的序列比对结果两个网站却有些差异。NCBI比对的是97.00%而相同的序列在EzBioCloud却是99.43%，而且两者比对出来的菌，种名还是不一样的。
想问问大家，现在NCBI的比对结果还权威吗？或者现在除了NCBI还有哪些比对网站比较权威？

EzBioCloud.jpg



NCBI.jpg
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處世樹為模，本固任從枝葉動；立身錢作樣，內方還要外邊圓。
1楼 2012-09-15 23:25:36
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dfggc

荣誉版主 (著名写手)
scelab: 能把连接给出来吗？ 2012-09-16 13:14:28
RDP
2楼2012-09-16 09:48:59
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dfggc

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://rdp.cme.msu.edu/
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To be, or not to be, that's a problem.
3楼2012-09-16 14:20:24
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Eztaxon server 2.1
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4楼2012-09-16 14:43:20
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://147.47.212.35:8080/  Eztaxon server 2.1
这个网站专门是细菌的16S rDNA的，只是这个网站的打开如果是某些学校的校园网是打不开的
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wangyanlinx
5楼2012-09-16 14:46:39
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dfggc at 2012-09-16 14:20:24
http://rdp.cme.msu.edu/

嗯，我试试。谢谢
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處世樹為模，本固任從枝葉動；立身錢作樣，內方還要外邊圓。
6楼2012-09-17 22:51:44
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 树2979 at 2012-09-16 14:46:39
http://147.47.212.35:8080/  Eztaxon server 2.1
这个网站专门是细菌的16S rDNA的，只是这个网站的打开如果是某些学校的校园网是打不开的

那如何看待这个网站和NCBI的不同结果呢？
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處世樹為模，本固任從枝葉動；立身錢作樣，內方還要外邊圓。
7楼2012-09-17 22:52:19
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by WSW_Alone at 2012-09-17 22:52:19
那如何看待这个网站和NCBI的不同结果呢？...

因为有同学做过，厦大那边做环境微生物的课题组有用过这个并且也得到承认，所以个人觉得还是靠谱的
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8楼2012-09-18 08:30:31
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wangyanlinx

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 树2979 at 2012-09-16 14:46:39
http://147.47.212.35:8080/  Eztaxon server 2.1
这个网站专门是细菌的16S rDNA的，只是这个网站的打开如果是某些学校的校园网是打不开的

可以告诉Eztaxon server 2.1
具体的一些操作按钮的意思吗 比如比对序列后  出来一些相似的种 上面有一排按钮：view all seq等 还有NJ什么的  我点击后都没有结果  这个到底什么意思啊
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9楼2012-10-08 08:46:41
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WSW_Alone

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangyanlinx at 2012-10-08 08:46:41
可以告诉Eztaxon server 2.1
具体的一些操作按钮的意思吗 比如比对序列后  出来一些相似的种 上面有一排按钮：view all seq等 还有NJ什么的  我点击后都没有结果  这个到底什么意思啊...

你可以去点那个NCBI的标志，是链接到NCBI的对应序列信息的。
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處世樹為模，本固任從枝葉動；立身錢作樣，內方還要外邊圓。
10楼2012-10-08 09:00:06
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