应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何从homolog中 找出ortholog
81/1返回列表
查看: 1092  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

waymeanlz

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从homolog中 找出ortholog

大家好，想请教一个问题~  NCBI的homologene数据库里面的 每个group包含一组homologene（包括ortholog和paralog），我想找出里面的ortholog，踢掉paralog，有没有可行的办法？先谢过了~O(∩_∩)O~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-20 15:54:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你知道ortholog和paralog的区别吗？
根据我的理解，没有直接的软件可以做这个，要一个个筛选的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-20 19:02:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waymeanlz

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
3楼2012-08-21 08:16:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:16:32
我只知道ortholog是 物种分化形成的，而paralog是duplication形成的。
在得到了一群homolog的前提下，逐个筛选该怎么做？...

对啊，duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在，如果没有的话，就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话，就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别，要么就索性不用，或者自己给加个记号。
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-21 08:24:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
顺便提一句，分别ortholog和paralog是因为建树的时候，要保证alignment里的序列都是属于同一个进化历史的（故而必须只能用ortholog）。这样的话，最好做个recombination detection （重组检测）。
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-21 08:28:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waymeanlz

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-21 08:24:16
对啊，duplication的话就必须要有2个或以上的高度类似基因存在，如果没有的话，就可以比较肯定是ortholog了。至于有的话，就看基因的注解 (annotation),选择相关的。如果实在无法分别，要么就索性不用，或者自己给 ...

明白了，谢谢啦~
我本来想的是，如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1，A2.。。。，就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考，比较Ai和B的相似程度，取相似度最高的作为这个物种中的ortholog，现在有点想不通这样做有没有道理了？求指教~~
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-21 08:49:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by waymeanlz at 2012-08-21 08:49:06
明白了，谢谢啦~
我本来想的是，如果在一个homolog group中一个物种中有多个相似序列A1，A2.。。。，就找一个只有一个序列的物种序列B作为参考，比较Ai和B的相似程度，取相似度最高的作为这个物种中的ortholog，现 ...

没有道理啊。进化和基因所在的位置有很大的关系，可能有的基因duplicate以后，就变成pseudo gene了，可能根本就不变化，或者进化的很快（没有保持功能的需要）。所以相似度不能作为选取的标准。
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-21 16:38:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上好佳wing

金虫 (小有名气)
我想请问下楼主，后来你是用什么办法解决这个问题的啊？
赞一下 回复此楼
8楼2014-04-01 20:33:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 waymeanlz 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭